MrBayes

Popis

MrBayes je program sloužící k Bayesovskému odhadu fylogeneze. Je založeno na veličině nazvané „posteriorní rozdělení pravděpodobností fylogenetických stromů“, což je podmíněná pravděpodobnost výskytu fylogenetického stromu z daných dat. Podmíněnost je dána Bayesovým theorémem, a není vyjádřitelná analyticky, proto MrBayes používá simulační techniku nazvanou Markov Chain Monte Carlo (MCMC) k zpřesnění pravděpodobnosti stromů.

Základní kroky při typické Bayesovské fylogenetické analýze:

• Načíst datový soubor *.nex
• Vybrat evoluční model
• Spustit analýzu
• Shrnout výsledky

Dostupnost:

Program je aktuálně dostupný ve verzi 3.1 a 3.2.

Dostupnost ve verzi pro jeden procesor i v MPI verzi (3.1 je kompilovaná s mpich-p4 a 3.2 s openmpi, je potřeba přidat příslušnou MPI a spouštět přes mpiexec)

Použití:

Nahrajte modul ("module ad mrbayes") a spusťte "mb" pro jednoprocesorovou verzi nebo "mpiexec mb-mpi" pro víceprocesorovou verzi.

Dostupné moduly:

• mrbayes
• mrbayes-pre3.2

Dokumentace:

http://mrbayes.csit.fsu.edu/wiki/index.php/Manual

Podporované platformy:

amd64_linux26

Správce programu:

meta@cesnet.cz

Domovská stránka:

http://mrbayes.csit.fsu.edu/index.php