Nejprve si prosím přečtěte, s jakými typy úloh vám mohou superpočítače pomoci a s jakými ne. Pokud jste se rozhodli používat superpočítače MetaCentra, musíte podat přihlášku a podepsat prohlášení, že souhlasíte s pravidly. Pak vám budou vytvořeny účty na strojích, o které v přihlášce požádáte. Na konci každého roku vás pak požádáme o zprávu, co jste v MetaCentru počítali, a prodloužíme účty na další rok.
Na strojích MetaCentra běží Unixové operační systémy. Stroje se ovládají vzdáleně z příkazového řádku, budete tedy potřebovat nějaký program nahrazující textový terminál (na MS-Windows např. PuTTY). Před spuštěním vaší výpočetní úlohy v MetaCentru se nejdříve musíte přihlásit na některý z čelních uzlů pomocí SSH klienta (na MS-Windows je obsažen v PuTTy, nebo součást CygWin).
Ke strojům MetaCentra se můžete přihlašovat pomocí jména a hesla nebo pomocí Kerberos (více informací o Kerberos autentizaci najdete zde). V případě jména a hesla jej musíte zadávat při každém přístupu z vašeho počítače ke stroji v MetaCentru. Pokud budete využívat Kerberos, pak stačí jednou denně získat Kerberos lístek a poté můžete po dobu 10 hodin přistupovat ke strojům MetaCentra aniž byste museli zadávat heslo.
Přihlašujte se na čelní uzly clusterů, na kterých máte účet, nikoliv na jednotlivé uzly. Můžete si vybrat některý z následujících čelních uzlů clusterů s přednastaveným plánovacím systémem PBS Torque:
jak přistoupit k MetaCentru ze systému Linux/Unix
jak přistoupit k MetaCentru ze systému Windows
Před zahájením výpočtu je třeba si do svého domovského adresáře v MetaCentru zkopírovat vstupní data. Pro kopírování vstupních dat do MetaCentra a zpátky výsledků z MetaCentra lze použít SCP, SFTP, případně RCP klienta, například WinScp nebo Total Commander s SFTP pluginem. Kde máte svoje adresáře lze zjistit na stránce Souborové systémy.
Obecně platí, že:
Na všech strojích máte dostupný jeden domovský adresář /afs/afs_buňka/home/login/ na AFS. Konkrétní cesta ale záleží na nastavení AFS v konkrétní instituci. Například na ZČU je cesta k domovskému adresáři /afs/zcu.cz/users/počáteční_písmenko_loginu/login/.
/storage/home/login/ na NFSv4 s neomezeným prostorem./home/login/ na NFSv3 (rychlejší síťový souborový systém pro blízké systémy)./scratch/login/.Tip: další informace najdete na MetaCentrové wiki.
Neočekávejte tedy, že domovský adresář ze stroje skirit.ics.muni.cz (do něhož jste přenesli svá data programem WinScp a do něhož se přihlásíte přes PuTTy) je dostupný na clusterech umístěných v Plzni nebo Praze. Pro sdílení dat přes všechny stroje musíte použít adresář na AFS nebo NFSv4.
Pozor!
Čelní uzly clusterů vzhledem ke svému určení pro interaktivní přípravu úloh, prohlížení výstupů apod. mohou mít oproti pracovním uzlům téhož clusteru některé SW balíky navíc. Pokud vyžadujete 100% identické prostředí pracovního uzlu (např. při přípravě úlohy, kde se bude něco automaticky kompilovat) je možné ho získat zadáním interaktivní úlohy s přesnou specifikací architektury a OS.
Strojů a uživatelů je v MetaCentru mnoho, a proto se výpočetní úlohy spouštějí zásadně pomocí plánovacího systému (PBSPro), který dohlíží na efektivní a férové využívání zdrojů uživateli, a plánuje, kdy kdo dostane vyžádané stroje k dispozici.
Úlohu tedy vlastně nespouštíte, ale zadáváte do plánovacího systému spolu s požadavky kolik strojů, s kolika procesory, s jakými vlastnostmi, a jak velkou pamětí úloha potřebuje. Plánovací systém pak zajistí, že úloha bude spuštěna, jakmile to bude možné. K dispozici máte podrobný návod použití PBS, nicméně pro nováčka to může být příliš hutné čtení, v tom případě pokračujte ve čtení stránkou o spouštění aplikací.