Aktualizace frontendu zuphux.cerit-sc.cz na PBS Pro a OS Centos 7.3

CERIT-SC pokračuje s přesunem běžných výpočetních strojů z prostředí PBS Torque @wagap do nového prostředí s plánovacím systémem PBS Pro @wagap-pro.

***ZMĚNA SYSTÉMU FRONTENDU***

Dne 11. 5. bude frontend zuphux.cerit-sc.cz přenastaven do prostředí @wagap-pro a zároveň dojde k upgrade verze OS (Centos 7.3).

Zároveň dojde k zastavení přijímání nových úloh v prostředí Torque (@wagap). Stávající úlohy se dopočítají na zbylých uzlech. Zbylé výpočetní uzly v Torque budou po uvolnění postupně převáděny do prostředí PBS Pro. Stroje zařazené v PBS Pro jsou v PBSMonu označené nápisem "Pro" https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/nodes/physical .

Pro zjištění stavu dobíhajících úloh v PBS Torque na frontendu zuphux (qstat apod.) bude potřeba aktivovat torque-client:

zuphux$ module add torque-client ... nastaví PBS Torque prostředí @wagap

obdobně

zuphux $ module rm torque-client ... vrátí PBS Pro prostředí @wagap-pro

Připomínáme hlavní odlišnosti PBS Pro:

Odlišná syntaxe (požadavek na 1 uzel ve frontě uv se 48 cpu, 20 GB RAM, 20 GB scratch, 1 hodina walltime):
- ```
qsub -q uv -l select=1:ncpus=48:mem=20gb:scratch_local=20gb -l walltime=1:00:00 skript.sh
```
Nutno vždy specifikovat
- walltime ve formátu [hh:mm:ss]
- velikost a typ scratche <scratch_local|scratch_ssd|scratch_shared>

Dokumentace k novému plánovacímu prostředí PBS Professional: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/PBS_Professional

PBSPro Quick Start (PDF): https://metavo.metacentrum.cz/export/sites/meta/cs/seminars/seminar2017/tahak-pbs-pro-small.pdf

Představení PBS Pro ze Semináře gridového počítání 2017 (PDF): https://metavo.metacentrum.cz/cs/seminars/seminar2017/presentation-Klusacek.pptx

S omluvou za komplikace a s díky za pochopení,

Uživatelská podpora centra CERIT-SC

Ivana Křenková, Wed May 10 21:40:00 CEST 2017