Novinky

Tyto novinky můžete číst jako RSS.

Pozvánka na kurzy SVS FEM (Ansys)

Vážení uživatelé,

přeposíláme pozvánku s kurzy SVS FEM (Ansys):

 

 

Banner Update

Dobrý den,

už známe všechny datumy a města našeho SVS FEM Ansys Update 2024 R1 – kde Vám osobně představíme novinky, které přináší nejnovější verze software Ansys. Začínáme v Brně 14. února od 9 do 13 hod. v hotelu Avanti. Těšíme se na setkání!

Města 2024:
  • Brno 14. 2.
  • Ostrava 21. 2.
  • Bratislava 28. 2.
  • Žilina 6. 3.
  • Plzeň 20. 3.
  • Praha 21. 3.

Registrace

 

​​​​​​​SVS FEM s.r.o., Trnkova 3104/117c, 628 00 Brno
+420 543 254 554  | http://www.svsfem.cz

 


S přáním příjemného počítání,

Vaše MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 1. 2. 2024

Rušení diskových polí /storage/brno3-cerit/ a /storage/brno1-cerit/

Z důvodu poruchovosti a stáří jsme nedávno zrušili, nebo v dohledné době rušit plánujeme, stará disková pole Centra CERIT-SC:
    •    /storage/brno3-cerit/
    •    /storage/brno1-cerit/


Rušení /storage/brno3-cerit/

Nedávno jsme zrušili diskové pole /storage/brno3-cerit/ a data z /home adresářů jsme přesunuli do /storage/brno12-cerit/home/LOGIN/brno3  (alternativně přímo do /home, pokud byl na novém úložišti prázdný).
Dočasně zůstal funkční symlink /storage/brno3-cerit/home/LOGIN/…, který vede na stejná data na novém poli.  Od nynějška prosím používejte novou cestu ke stejným datům /storage/brno12-cerit/home/LOGIN/…

Všechna data z brno3 jsou již fyzicky přestěhována na nové pole! Není potřeba nic nikam kopírovat.
 

 
Rušení /storage/brno1-cerit/

V blízké budoucnosti začneme stěhovat data z diskového pole  /storage/brno1-cerit/ do /storage/brno12-cerit/home/LOGIN/brno1/.

Data přestěhujeme my, v době, kdy nebudou používána v úlohách.

Dočasně zůstane funkční symlink /storage/brno1-cerit/home/LOGIN/…, který povede na stejná data na novém poli. Ten bude po zrušení pole smazán a data budou dostupná jako  /storage/brno12-cerit/home/LOGIN/brno1/.
 

POZOR na poli  /storage/brno1-cerit/ jsou uložená také data z archivů starých, dávno zrušených diskových polí. Data z archivů neplánujeme přenášet automaticky! Pokud data z následujících archivů používáte, ozvěte se nám na meta@cesnet.cz, potřebná data překopírujeme rovněž do /storage/brno12-cerit/:
    •    /storage/brno4-cerit-hsm/
    •    /storage/brno7-cerit/
    •    /storage/jihlava1-cerit/
 

 

Výsledek

Jediným diskovým polem, připojeným do MetaCentra z Centra CERIT-SC, bude nadále /storage/brno12-cerit/ (storage-brno12-cerit.metacentrum.cz)
Všechna svá data najdete na diskovém poli /storage/brno12-cerit/home/LOGIN/… a symlinky na stará úložiště budou nejpozději v létě zrušeny.
 
S omluvou za komplikace a s přáním pěkného dne,
Vaše MetaCentrum
 

 


Ivana Křenková, 19. 1. 2024

Pozvánka LUMI Intro Course

Vážení uživatelé,

přeposíláme pozvánku s kurzy v IT4Innovation.

 

Dear Madam / Sir,
 
The LUMI consortium invites you to the online LUMI Intro course on 8 February, a discussion on the specifics and peculiarities of LUMI.

This one-day online course serves as a short introduction to the LUMI architecture and setup. It will include lessons about the hardware architecture, compiling, using software and running jobs efficiently.
Users who don’t have an account on LUMI yet will receive temporary access for the purpose of the course. Please do not hesitate to contact the LUMI User Support Team if you need assistance.

After the course, you will be able to work efficiently on both the CPU (LUMI-C) and GPU partition (LUMI-G). Ready to embark on your LUMI journey? Register for the course by 5 February.

LUMI Intro Course
Please also note the EuroHPC JU Benchmark and Development Access calls, where you can request computational resources to familiarise yourself with LUMI, test or benchmark your software, and develop your software further.
The purpose of these EuroHPC JU Access Calls is to support your experience with LUMI before you apply for an Extreme Scale and/or Regular Access via the EuroHPC JU or the IT4Innovations Open Access Grant Competition.
Please find the current EuroHPC JU calls here.

Information on the LUMI supercomputer can also be found on the IT4Innovations website here
 

Best regards, 
IT4Innovations
pr@it4i.cz

 

 



S přáním příjemného počítání,

Vaše MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 15. 1. 2024

Novinky infrastruktury MetaCentrum & CERIT-SC

Novinky infrastruktury MetaCentrum & CERIT-SC


1) Přispěli jsme k projektu, který získal AI Awards 2023

Výzkumníci z Katedry kybernetiky FAV ZČU, kteří na jaře přednášeli na Gridovém semináři MetaCentra, a se kterými jsme nedávno připravili reportáž o využívání našich služeb, získali ocenění AI Awards 2023. Gratulujeme!

Za oceněným projektem zachování historického dědictví a kulturní paměti, který spočívá ve zpřístupnění archivu historických dokumentů NKVD/KGB, stojí také naše služby, zejména Kubernetes cluster Kubus a s ním spojená disková úložiště.

Tyto výpočetní a datové zdroje k řešení velmi náročných úloh spravuje pro oblast vědy a výzkumu MetaCentrum. Více informací v tiskové zprávě ZČU.


 

2) Účastníme se Czech Space Week

Náš kolega Zdeněk Šustr dnes vystupuje na konferenci Copernicus forum a Inspirujme se 2023 ve Hvězdáně a planetáriu v Brně. Představí nové služby, data a plány národního uzlu Sentinel CollGS a projekt GREAT. Konference je součástí akce Czech Space Week. Je zaměřena na dálkový průzkum Země a infrastruktury INSPIRE pro sdílení prostorových dat.

Projekt GREAT je financován z prostředků Evropské unie, programu Digital Europe Programme (DIGITAL – ID: 101083927).

 

 

 


Ivana Křenková, 30. 11. 2023

Pozvánka na podzimní HPC kurzy

Vážení uživatelé,

přeposíláme pozvánku s kurzy v IT4Innovation.

The Czech National Competence Center in HPC is inviting you to autumn courses:

Basic Quantum Computing Algorithms and Their Implementation in Cirq

Quantum computers are based on a completely different principle than classical computers. This course aims to explain this difference by showing how basic quantum computing algorithms work in practice. Training is focused on the theoretical foundations, mathematical description, and practical testing of the resulting quantum circuits.

Date:  56 September 2023, 9 am to 4 pm
Registration deadline: 30 August 2023
Venue: online via Zoom
Tutors: Jiří Tomčala
Language: English
Web page: https://events.it4i.cz/event/188/

 

 

Mastering Transformers: From Building Blocks to Real-World Applications

For the past five years, the amount of transformer-based architectures has grown significantly and continues to dominate the deep learning domain. They can be considered another leap innovation that further pushes deep neural network performance and scalability boundaries. They have been demonstrated with the most significant models using over half a trillion parameters and scaled up to thousands of GPUs.
In this course, participants learn the building blocks of transformer architectures to apply them to their projects. These novel methods will be differentiated against existing methods, showing their advantages and disadvantages. Different hands-on exercises give the participants room to explore how the transformers work in various fields of application.
 
Date: 11–13 September 2023, 12:30 - 16:30 CET 
Registration deadline: 6 September 2023
Venue: online via Zoom
Tutors: Tugba Taskaya Temizel, Alptekin Temizel, Georg Zitzlsberger
Language: English
More information and registration at https://events.it4i.cz/event/191/

 

 

 

Parallel Computing with MATLAB and Scaling MATLAB Code to the HPC Cluster

This two-part hands-on workshop will introduce you to parallel computing with MATLAB so that you can solve computationally and data-intensive problems using multicore processors, GPUs, and computer clusters.

Date: 8 November 2023, 9 am to 5 pm
Registration deadline: 1 November 2023
Venue: online via Zoom, onsite at IT4Innovations, Studentská 6231/1B, 708 00 Ostrava – Poruba, Czech Republic
Tutors: Raymond Norris, MathWorks; Dr. Shubo Chakrabarti, MathWorks
Language: English
More information and registration at https://events.it4i.cz/event/193/

 
For more information and registration, please visit the workshop web page or write us at training@it4i.cz
We are looking forward to meeting you online and onsite.

Best regards,
Training Team NCC Czech Republic
training@it4i.cz

 

 



S přáním příjemného počítání,

Vaše MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 14. 6. 2023

Tipy dne na frontendech

Vážení uživatelé,


na základě zpětné vazby, kterou jsme od Vás získali v uživatelském dotazníku z přelomu roku, jsme nejčastější dotazy zpracovali do podoby Tipu dne.

Nově se Vám zobrazí na všech frontendech náhodná rada v podobě krátkého textu na konci výpisu MOTD po přihlášení na frontend.

MOTD

Zobrazování tipů si můžete na vybraném frontendu deaktivovat pomocí přikazu "touch ~/.hushmotd".


S přáním příjemného počítání,

Vaše MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 7. 6. 2023

Nejpokročilejší systém pro AI a dva nové clustery pro náročné výpočty v MetaCentru

Vážení uživatelé,

s radostí oznamujeme, že jsme do MetaCentra pořídili nový velice zajímavý HW.

Více informací najdete také v tiskové zprávě e-INFRA CZ "Vědci v ČR získali nejpokročilejší systém pro AI a dva nové clustery pro náročné technické výpočty"

 

1) NVIDIA DGX H100

Masarykova univerzita (CERIT-SC) se stala průkopníkem v oblasti podpory umělé inteligence (AI) a výkonné výpočetní technologie díky instalaci nejnovějšího a nejvyspělejšího systému NVIDIA DGX H100. Jedná se o první zařízení tohoto typu v celé ČR (a Evropě), které přináší extrémní výpočetní sílu a inovativní možnosti pro výzkum.

Díky nejnovější architektuře GPU NVIDIA Hopper DGX H100 disponuje osmi pokročilými grafickými procesory NVIDIA H100 Tensor Core, každý s GPU pamětí 80 GB. Umožňuje tak paralelní zpracování obrovských datových objemů a výrazně urychluje výpočetní úlohy.

 

Konfigurace systému NVIDIA DGX H100 capy.cerit-sc.cz

Server DGX H100 je dodáván s předinstalovaným softwarovým balíčkem NVIDIA DGX, který obsahuje komplexní sadu softwarových nástrojů pro hluboké učení, včetně předkonfigurovaných prostředí.

Stroj je přístupný na požádání ve speciální frontě gpu_dgx@meta-pbs.metacentrum.cz.

 

Pro přístup žádejte na adrese meta@cesnet.cz. V žádosti popište důvody pro přidělení tohoto zdroje (potřebnost a schopnost efektivního využítí. Zároveň popište stručně očekávané výsledky, předpokládaný objem zdrojů a časový rozsah potřebného přístupu.


2) Clustery TURIN a TYRA

Kromě toho mohou uživatelé MetaCentra začít využívat dva zcela nové výpočetní clustery, které pořídíl CESNET. První byl zprovozněn v Ústavu molekulární genetiky Akademie věd ČR v Praze-Krči pod názvem TURIN a druhý na Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity v Brně pod jménem TYRA.

Pražský cluster TURIN má 52 uzlů, z nichž každý disponuje 64 jádry CPU a 512 GB RAM. Jeho brněnský kolega TYRA je tvořen 44 uzly a jinak s totožnou technickou specifikací.

Oba clustery jsou osazeny procesory AMD společně s technologií AMD 3D V-Cache. Jde o nejvýkonnější serverové procesory určené pro náročné výpočty.

Konfigurace clusterů turin.metacentrum.cz a tyra.metacentrum.cz



Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 5. 6. 2023

Nový HW v MetaCentru

Masarykova univerzita (CERIT-SC) se stala průkopníkem v oblasti podpory umělé inteligence (AI) a výkonné výpočetní technologie díky instalaci nejnovějšího a nejvyspělejšího systému NVIDIA DGX H100. Jedná se o první zařízení tohoto typu v celé ČR, které přináší extrémní výpočetní sílu a inovativní možnosti pro výzkum.

Díky nejnovější architektuře GPU NVIDIA Hopper DGX H100 disponuje osmi pokročilými grafickými procesory NVIDIA H100 Tensor Core, každý s GPU pamětí 80 GB o celkovém výpočetním výkonu 32 TeraFLOPS. Umožňuje tak paralelní zpracování obrovských datových objemů a výrazně urychluje výpočetní úlohy. Díky vysoce výkonným paměťovým subsystémům v grafických akcelerátorech poskytuje rychlý přístup k datům a optimalizuje výkon při práci s velkými datovými sadami. Uživatelé tak mohou dosáhnout bezkonkurenční efektivity a odezvy ve svých AI úlohách.


Server DGX H100 je dodáván s předinstalovaným softwarovým balíčkem NVIDIA DGX, který obsahuje komplexní sadu softwarových nástrojů pro hluboké učení, včetně předkonfigurovaných prostředí.

 

Stroj je přístupný na požádání ve speciální frontě gpu_dgx@meta-pbs.metacentrum.cz.

Pro přístup žádejte na adrese meta@cesnet.cz. V žádosti popište důvody pro přidělení tohoto zdroje (potřebnost a schopnost efektivního využít). Zároveň popište  stručně očekávané výsledky, předpokládaný objem zdrojů a časový rozsah potřebného přístupu.


 

 

 

Konfigurace NVIDIA DGX H100 (capy.cerit-sc.cz)

GPUs:

8× NVIDIA H100 SXM5 80 GB

GPU memory

640 GB total

CPU

Dual 56-core 4th Gen Intel Xeon

Scalable CPU

Výkon (FP8 tensor operace)

32 TeraFLOPS

# CUDA jader

135 168

# Tensor jader

4 224

Multi-instantce GPU

56 instancí

RAM

2 TB

HDD

OS: 2× 1.92 TB NVMe

data: 30 TB (8× 3.84 TB) NVMe

Network

8x single-port ConnectX-7 VPI 400 Gb/s InfiniBand/ 200Gb/s Ethernet

2x dual-port ConnectX-7 VPI 400 Gb/s InfiniBand/ 200Gb/s Ethernet

Max. spotřeba

~10.2kW max

 

 

 

 

Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 1. 6. 2023

Nový HW v MetaCentru

MetaCentrum bylo rozšířeno o nové clustery:

1) CPU cluster turin.metacentrum.cz, 52 uzlů, 3328 jader CPU, s následující specifikací každého uzlu:

2)  CPU cluster tyra.metacentrum.cz, 44 uzlů, 2816 jader CPU, s následující specifikací každého uzlu:

Clustery jsou dostupné v prostředí plánovacího serveru @pbs-meta prostřednictvím standardních krátkých front. Po otestování budou přidány i delší fronty.

Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 19. 5. 2023

Dokumentace MetaCentra se stěhuje

Vážení uživatelé,

připravili jsme pro Vás novou dokumentaci MetaCentra, která je dostupná na https://docs.metacentrum.cz/ .

Obsah jsme strukturovali podle témat, která Vás zajímají, ta najdete v horní liště. Po rozkliknutí vybraného tématu se rozbalí pomocné menu vlevo s další navigací. V pravo je pak obsah s tématy obsaženými na stránce.

Do přípravy dokumentace jsme promítli i zpětnou vazbu, kterou jste nám poslali v dotazníku (děkujeme). Například jsme pročistili spoustu neaktuálních informací, které zůstávaly dohledatelné ve wiki a pokusili jsme se zpřehlednit výukové příklady.

Kvůli možnosti zpětného dohledání informací nebude původní dokumentace smazána hned, ale zůstane dočasně přístupná. Od konce března 2023 však není aktualizována!

 

Proč jsme zvolili jiný formát dokumentace a opustili wiki?

Jak jistě víte, probíhá integrace poskytovaných služeb do jednotné platformy e-INFRA CZ*. Součástí této integrace je sjednocení formátu všech uživatelských dokumentací. Do budoucna naši novou dokumentaci začleníme do společné dokumentace všech poskytovaných služeb v rámci aktivit e-INFRA CZ https://docs.e-infra.cz/.

-----
* e-INFRA CZ je infrastruktura pro vědu a výzkum, která spojuje a koordinuje aktivity tří českých e-infrastruktur: CESNET, CERIT-SC a IT4Innovations. Více informací naleznete na domovské stránce e-INFRA CZ https://www.e-infra.cz/

-----

Nová dokumentace stále prochází vývojem a změnami. V případě, že narazíte na jakékoliv problémy, nejasnosti nebo Vám něco chybí, dejte nám prosím vědět na e-mailu meta@cesnet.cz . Už teď přemýšlíme, jak pro Vás ještě lépe rozpracovat část dokumentace věnované instalacím SW.


S pozdravem,

tým MetaCentra


 


Ivana Křenková, 3. 4. 2023

Další kolo grantové soutěže v IT4Innovations Natinal Supercomputeing Center

Vážení uživatelé,


dovolujeme si přeposlat informaci o grantové soutěži v IT4I: 

 

Dear Madam/Sir,
Applications are open for the 28th Open Access Grant Competition of IT4Innovations National Supercomputing Center. You can apply for the computational resources until 4 April 2023.

The results will be announced in May 2023, and the period to use obtained computational resources is expected to start a couple of days after the results announcement.


For more information about the call and application, please visit our website.
We would also like to remind you the Mandatory acknowledgement at the achieved deliverables:
This work was supported by the Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic through the e-INFRA CZ (ID:90140).

Yours faithfully,
IT4Innovations

Ivana Křenková, 30. 3. 2023

Pozvánka na hybridní školení Introduction to MPI

Vážení uživatelé,


dovolujeme si Vám přeposlat pozvánku na hybridní školení Introduction to MPI:

--

Dear Madam / Sir,
 
The Czech National Competence Center in HPC is inviting you to a course Introduction to MPI, which will be held hybrid (online and onsite) on 3031 May 2023.
 
Message Passing Interface (MPI) is a dominant programming model on clusters and distributed memory architectures. This course is focused on its basic concepts such as exchanging data by point-to-point and collective operations. Attendees will be able to immediately test and understand these constructs in hands-on sessions. After the course, attendees should be able to understand MPI applications and write their own code.
 
Introduction to MPI
Date:  3031 May 2023, 9 am to 4 pm
Registration deadline: 23 May 2023
Venue: online via Zoom, onsite at IT4Innovations, Studentská 6231/1B, 708 00 Ostrava–Poruba, Czech Republic
Tutors: Ondřej Meca, Kristian Kadlubiak 
Language: English
Web page:  https://events.it4i.cz/event/165/

Please do not hesitate to contact us might you have any questions. Please write us at training@it4i.cz.  

We are looking forward to meeting you online and onside.


Best regards, 
Training Team IT4Innovations

training@it4i.cz

                         


Ivana Křenková, 14. 3. 2023

Pozvanka na tradicni Seminar gridoveho pocitani - MetaCentrum

Vážení uživatelé,

Rádi bychom Vás pozvali na tradiční Seminář MetaCentra, který se bude konat v Praze 12. a 13. dubna 2023.

SGP 2023 - FB

Společně s EOSC CZ jsme připravili bohatý program, který by Vás mohl zajímat.

První den akce bude věnován EOSC CZ aktivitám, především pak přípravě národní repozitářové platformy a ukládání/archivování výzkumných dat v ČR.

Druhý den pak proběhne Seminář gridového počítání 2023, který bude zaměřen na představení novinek a nových služeb, které MetaCentrum nabízí.

Mezi nimi budou například Singularity kontejnery, NVIDIA framework pro AI, Galaxy, grafická prostředí v OnDemand a Kubernetes, Jupyter Notebooky, Matlab (zvaná přednáška) a mnoho dalšího. Odpoledne se bude konat volitelný Hands-on workshop s omezenou kapacitou, kde si dozvíte mnoho zajímavého a pod vedením našich odborníků si můžete vyzkoušet témata, která Vás zajímají.

Protože chceme, aby Seminář odpovídal Vašim potřebám, budeme velmi rádi, když nám sdělíte, která témata Vás zajímají a co byste si chtěli vyzkoušet. Pokusíme se je zařadit do programu. Náměty prosím pište na meta@cesnet.cz.

Podrobnější informace a registraci najdete na stránce semináře: https://metavo.metacentrum.cz/cs/seminars/Seminar2023/index.html

Těšíme se na Vaši účast! Seminář proběhne v českém jazyce. 

 

Vaše MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 14. 3. 2023

Nový způsob výpočtu fairshare

Vážení uživatelé,

rádi bychom vám oznámili, že od od čtvrtka 9. 3. 2023 se mění způsob výpočtu fairshare. Přidáváme nový koeficient s názvem "spec", který bere v úvahu rychlost výpočetního uzlu, na kterém běží úloha.

Dosud se "usage fairshare" počítal jako usage = used_walltime*PE , kde PE je "procesor ekvivalent" vyjadřující kolik zdrojů (ncpus, mem, scratch, gpu...) si uživatel na stroji alokoval.

Nově se bude počítat jako usage = spec*used_walltime*PE, kde "spec" značí koeficient, který vystihuje výkon hlavního uzlu (spec na jádro), na kterém běží úloha. Tento koeficient nabývá hodnot od 3 do 10.

Doufáme, že vám tato změna umožní ještě efektivnější využití našich výpočetních zdrojů. Pokud máte jakékoli dotazy, neváhejte nás kontaktovat.


Ivana Křenková, 7. 3. 2023

Nová verze grafického rozhraní OnDemand

Vážení uživatelé,

připravili jsme novou verzi grafického prostředí OnDemand, které je dostupné nově na https://ondemand.metacentrum.cz

Open OnDemand je služba, která uživatelům umožňuje přístup k výpočetním zdrojům přes webový prohlížeč v grafickém režimu. Uživatel může spouštět běžné úlohy PBS, získat přístup k frontend terminálům, kopírovat soubory mezi našimi úložišti nebo spouštět několik grafických aplikací v prohlížeči. Mezi nejpoužívanější dostupné aplikace patří Matlab, ANSYS, MetaCentrum Remote Desktop a VMD (viz úplný seznam GUI aplikací dostupných přes OnDemand). Grafické relace jsou trvalé, můžete k nim přistupovat z různých počítačů v různých časech nebo dokonce současně.

Přihlašovací jméno a heslo do rozhraní Open OnDemand V2 je vaše přihlašovací jméno e-INFRA CZ / Metacentrum a heslo Metacentra.

Více informací najdete v dokumentaci: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/OnDemand

 


Ivana Křenková, 13. 2. 2023

Pozvánka na hybridní školení High Performance Data Analysis with R, 26–27

Vážení uživatelé,


dovolujeme si Vám přeposlat pozvánku na hybridní školení High Performance Data Analysis with R:

--

Dear Madam / Sir,
 
The Czech National Competence Center in HPC is inviting you to a course High Performance Data Analysis with R, which will be held hybrid (online and onsite) on 2627 April 2023.
 
This course is focused on data analysis and modeling in R statistical programming language. The first day of the course will introduce how to approach a new dataset to understand the data and its features better. Modeling based on the modern set of packages jointly called TidyModels will be shown afterward. This set of packages strives to make the modeling in R as simple and as reproducible as possible.
 
The second day is focused on increasing computation efficiency by introducing Rcpp for seamless integration of C++ code into R code. A simple example of CUDA usage with Rcpp will be shown. In the afternoon, the section on parallelization of the code with future and/or MPI will be presented.
 
High Performance Data Analysis with R
Date:  2627 April 2023, 9 am to 5 pm
Registration deadline: 20 April 2023
Venue: online via Zoom, onsite at IT4Innovations, Studentská 6231/1B, 708 00 Ostrava – Poruba, Czech Republic
Tutor: Tomáš Martinovič
Language: English
Web page: https://events.it4i.cz/event/163/

Please do not hesitate to contact us might you have any questions. Please write us at training@it4i.cz.  

We are looking forward to meeting you online and onside.


Best regards, 
Training Team IT4Innovations

training@it4i.cz

                         


Ivana Křenková, 31. 1. 2023

Poskytnutí zpětné vazby ke službám MetaCentra

Vážení uživatelé,

Rádi bychom se dozvěděli, co si myslíte o námi poskytovaných službách.

Najděte si prosím přibližně 15 minut na vyplnění formuláře pro zpětnou vazbu a poskytněte nám tak cenné informace potřebné pro rozvoj našich služeb.

Chápeme, že Váš čas strávený nad tímto dotazníkem je cenný, a proto každý, kdo formulář vyplní a bude mít vyplněné přihlašovací údaje do e-INFRA CZ, od nás obdrží odměnu v podobě 0,5 impaktované publikace, která navýší fairshare a zvýší prioritu uživatele v prostředí PBS.

Formulář pro zpětnou vazbu (vyberte prosím libovolnou jazykovou variantu):

EN: https://survey.metacentrum.cz/index.php/877671?src=mg231&lang=en
CZ: https://survey.metacentrum.cz/index.php/877671?src=meta&lang=cs

Děkujeme vám za Vaši zpětnou vazbu. Přejeme Vám mnoho úspěchů a publikací i v roce 2023.

 

S pozdravem,

Vaše MetaCentrum
  



 


Ivana Křenková, 10. 1. 2023

Nová fronta uv18.cerit-pbs.cerit-sc.cz na stroji ursa

Vážení uživatelé,

kvůli optimalizaci na NUMA systému serveru ursa byla zavedena fronta uv18.cerit-pbs.cerit-sc.cz, která umožňuje alokovat procesory pouze po nasobcích 18 tak, aby byl vždy využit celý NUMA node a nedocházelo k výraznému zpomalování výpočtu při zbytečné alokaci úlohy na více numa nodů.

Do fronty jsou proto přijímány pouze úlohy v násobcích 18 jader CPU a má vysokou prioritu.

S pozdravem,

Vaše MetaCentrum
  



 


Ivana Křenková, 29. 11. 2022

Nový parametr PBS: spec

Vážení uživatelé,

nově je možné při žádosti o zdroje pro výpočetní úlohu zadat minimální rychlost CPU výpočetního nodu, t.j. zajistit, aby výpočetní uzel, na kterém úloha poběží, neměl procesor pomalejší než je určitá definovaná hodnota. Tento parametr se jmenuje spec a jeho číselná hodnota vychází z metodiky https://www.spec.org/ . Více k použití parametru spec se dočtete v naší uživatelské wiki na https://wiki.metacentrum.cz/wiki/About_scheduling_system#CPU_speed.

Vyžádání strojů s rychlejším procesorem může vést ke zkrácení výpočetní doby, na druhou stranu se tím omezuje množina nodů, kterou má úloha potenciálně k dispozici, a úloha tedy může čekat déle ve frontě. Používejte proto parametr spec s rozmyslem.

S pozdravem,

Vaše MetaCentrum
 

 



 


Ivana Křenková, 29. 8. 2022

Identifikace slabých hesel

Vážení uživatelé,

V rámci kontroly zabezpečení infrastruktury Metacentra jsme identifikovali
několik slabých uživatelských hesel.  Aby byla zajištěna dostatečná ochrana
prostředí Metacentra, bude u příslušných uživatelů potřeba, aby provedli změnu
svého hesla na portále MetaCentra
(https://metavo.metacentrum.cz/cs/myaccount/heslo.html).

Uživatele, kterých se to týká, budeme kontaktovat přímo.



V případě dotazů se prosím obraťte na meta@cesnet.cz.

S pozdravem,

Vaše MetaCentrum
 

 



 


Ivana Křenková, 12. 8. 2022

Novinky infrastruktury MetaCentrum & CERIT-SC

Novinky infrastruktury MetaCentrum & CERIT-SC


1) Přístup he GUI aplikacím z prohlížeče

Uživatelé mohou nově přistupovat ke grafickému rozhraní aplikací proklikem přes webový prohlížeč. Návod na wiki https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Remote_desktop#Quick_start_I_-_Run_GUI_desktop_in_a_web_browser.

 Dřívější způsob přístupem přes VNC klienta je nadále možný - viz https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Remote_desktop#Quick_start_II_-_Run_GUI_desktop_in_a_VNC_session a následující návody.
 

2) Historie uživatelských úloh

Uživatelé mohou nově získat historii svých úloh, včetně těch starších než 24 hodin, příkazem
 

pbs-get-job-history <job_id>


Pokud příkaz nalezne úlohu v archivu, vytvoří v aktuálním adresáři podadresář s názvem job_ID (např. 11808203.meta-pbs.metacentrum.cz), který obsahuje několik souborů. Důležité jsou zejména

job_ID.SC - kopie skriptu předaného příkazu qsub
job_ID.ER - standardní výstup úlohy (STDOUT)
job_ID.OU - standardní chybový výstup úlohy (STDERR)

Více informací je k dispozici v dokumentaci: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/PBS_get_job_history


3) Nastavení paměti na GPU kartách

Na GPU kartách mohou nově uživatelé specifikovat, kolik nejméně paměti musí mít GPU karta k dispozici. K tomu slouží parametr gpu_mem. Například příkaz

qsub -q gpu -l select=1:ncpus=2:ngpus=1:mem=10gb:scratch_local=10gb:gpu_mem=10gb -l walltime=24:0:0

zařídí, aby se úloze přidělil stroj s GPU kartou, která má alespoň 10 GB paměti. 

Více informací je k dispozici v dokumentaci https://wiki.metacentrum.cz/wiki/GPU_stroje

V souvislosti s tím bychom uživatele rádi upozornili, že pro specifikaci GPU karet je vhodnější používat kombinaci parametrů

gpu_mem a cuda_cap než název konkrétního klastru. Prvně uvedený způsob zahrne širší množinu strojů a tím pádem se zkrátí čekání úlohy ve frontě.

 

 

 

 

 


Ivana Křenková, 11. 8. 2022

Pozvánka na ESFRI Open Session

Vážení uživatelé,


dovolujeme si Vám přeposlat pozvánku na ESFRI Open Session

--

 

 

 

Dear All,

 

I am pleased to invite you to the 3rd ESFRI Open Session, with the leading theme Research Infrastructures and Big Data. The event will take place on June 30th 2022, from 13:00 until 14:30 CEST and will be fully virtual. The event will feature a short presentation from the Chair on recent ESFRI activities, followed by presentations from 6 Research infrastructures on the theme and there will also be an opportunity for discussion. The detailed agenda of the 3rd Open Session will soon be available via the event webpage.

 

ESFRI holds Open Sessions at its plenary meetings twice a year, to communicate to a wider audience about its activities. They are intended to serve both the ESFRI Delegates and representatives of the Research Infrastructures community, and facilitate both-ways exchange. ESFRI has launched the Open Session initiative as a part of the goals set within the ESFRI White Paper - Making Science Happen.

 

I would like to inform you that the Open Session will be recorded and will be at your disposal at our ESFRI YouTube channel. The recordings from the previous Open Sessions themed around the ESFRI RIs response to the COVID-19 pandemic, and the European Green Deal, are available here.

 

Please forward this invitation to your colleagues in the EU Research & Innovation ecosystem that you deem would benefit from the event.

 

Registration is mandatory for participation, and should be done via the following link:

https://us06web.zoom.us/webinar/register/WN_0-sM43ktT3mPuCzXi3KNdQ

 

Your attendance at the Open Session will be highly appreciated.

 

Sincerely,

 

Jana Kolar,

ESFRI Chair


Ivana Křenková, 20. 6. 2022

Pozvánka na Seminář gridového počítání 2022 + Konference e-INFRA CZ

Vážení uživatelé,


Dovolujeme si Vás tímto pozvat k účasti na Seminář gridového počítání - MetaCentrum 2022, který se koná 10. května 2022 v Praze v hotelu Diplomat.


Seminář je součástí konference e-infrastruktury e-INFRA CZ 2022 https://www.e-infra.cz/konference-e-infra-cz

e-infra-karusel-2

 

Představíme Vám infrastrukturu e-INFRA CZ, její služby, mezinárodní projekty a výzkumné aktivity. Seznámíme vás s aktuálními novinkami a nastíníme naše plány.

V odpoledním programu vám nabídneme dvě paralelní sekce. Jedna se zaměří na rozvoj sítě, její bezpečnost a multimédia a druhá na zpracování a ukládání dat - Seminář gridového počítání MetaCentrum 2022.

V podvečer se pak zájemci mohou zúčastnit bonusové sekce Gridová služba MetaCentrum - Best Practices s následnou volnou diskuzí o tématech, která Vás zajímají a nedají Vám spát.

Více informací, program a registraci najdete na stránce akce https://metavo.metacentrum.cz/cs/seminars/seminar2022/index.html

 

Na shledanou se těší Vaše MetaCentrum

 

 

 

 

 

 


Ivana Křenková, 18. 4. 2022

Nový HW v MetaCentru

MetaCentrum bylo rozšířeno o nové clustery:

1) GPU cluster

galdor.metacentrum.cz vlastník CESNET, 20 uzlů, 1280 jader CPU a 80 GPU kartami NVIDIA A40, s následující specifikací každého uzlu:

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @pbs-meta prostřednictvím standardních krátkých front a prioritní fronty gpu

Na GPU clusterech je možné využívat dockerové obrazy z NVIDIA GPU Cloud (NGC) -- nejpoužívanější prostředí pro vývoj machine learning a deep learning aplikací, HPC aplikací nebo vizualizaci akcelerovanou NVIDIA GPU kartami. Nasazení těchto aplikací je pak otázkou zkopírování odkazu na příslušný Docker obraz, jeho spuštění spuštění v Docker kontejneru v Singularity. Více informací najdete na https://wiki.metacentrum.cz/wiki/NVidia_deep_learning_frameworks

 

 

2)  CPU cluster

halmir.metacentrum.cz vlastník CESNET, 31 uzlů, 1984 jader CPU, s následující specifikací každého uzlu:

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @pbs-meta prostřednictvím standardních krátkých front. Po otestování budou přidány i delší fronty.

Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.

Problémy s kompatibilitou některých aplikací s OS Debian11 průběžně řešíme rekompilací nových SW modulů. Pokud narazíte na problém u své aplikace, vyzkoušejte přidání modulu debian10-compat na začátek spouštěcího skriptu. Pokud problémy přetrvávají, dejte nám vědět na meta(at)cesnet.cz.


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 11. 3. 2022

Pozvánka na webinář Kubernetes

Vážení uživatelé,


zveme Vás na webinář Představení Kubernetes jako další výpočetní platformy dostupné uživatelům MetaCentra
 

K vytváření moderních aplikací se čím dál častěji používají kontejnery, což jsou balíčky mikroslužeb společně s jejich závislostmi a konfiguracemi. Kubernetes je opensourcový software pro nasazování a správu těchto kontejnerů ve velkém. Je to také řecké označení pro kormidelníka nebo pilota. Kubernetes jsou dnes nejrozšířenější platformou na hostování Docker kontejnerů a jsou podporovány velkými hráči na trhu (Google, Amazon, Microsoft) skrz Cloud Native Computing Foundation. Na webináři představí autor z centra CERIT-SC Kubernetes řešení připravené na míru uživatelům MetaCentra.


Kdy: pátek 18. 3. 2022, 13 –15 hodin
Kde: online, platforma ZOOM, pozvánka bude zaslána před akcí registrovaným zájemcům
Pro koho: uživatelé MetaCentra
Jazyk: čeština
Lektor: RNDr. Lukáš Hejtmánek, Ph.D., Masarykova univerzita, CERIT-SC
 

Co se dozvíte

  • Seznámení s Kubernetes [PDF].
  • Praktické ukázky https://docs.cerit.io/docs/webinar1.html
    • Webové aplikace pouštěné z Kubernetes – Jupyter a Binder Hub.
    • Dostupné aplikace pro interaktivní práci – Ansys, Matlab, RStudio.
      • Některou si ukážeme v praktické ukázce.
    • Ukázka spuštění vlastní aplikace.

 

Technické požadavky

  • Pro webové aplikace postačuje běžný prohlížeč.
  • Pro vyzkoušení Ansys/Matlab je nutný vncviewer (realvnc, turbovnc), pro uživatele Mac OS stačí Safari browser.
  • Pro ukázku vlastní aplikace je nutná možnost nainstalovat nástroj kubectl (bude ukázáno na webináři) a znalost běžné práce s terminálem.

 

Záznam z webináře https://youtu.be/zUrkd5qmbAc

 

Dokumentace ke Kubernetes a Rancheru https://docs.cerit.io/

 

kubernetes-transparent

 

 

 


Ivana Křenková, 8. 3. 2022

Nové algoritmy autentizace uživatelů

Vážení uživatelé,

v infrastruktuře MetaCentrum pokračujeme v přechodu na nové algoritmy používané pro autentizaci uživatelů a ověření jejich hesel.

Nové algoritmy jsou bezpečnější a přináší podporu nových zařízení a operačních systémů. Pro dokončení přechodu bude u některých uživatelů potřeba, aby provedli nové zadání svého hesla v aplikaci pro změnu hesla na portále Metacentra (https://metavo.metacentrum.cz/cs/myaccount/heslo.html).

Uživatele, kterých se to týká, budeme kontaktovat přímo.

Připomínáme, že po uživatelích nikdy nepožadujeme zasílání hesel mailem. Veškeré informace o správě hesel jsou dostupné ze stránek MetaCentra.

 

V případě dotazů se prosím obraťte na support@metacentrum.cz.

S pozdravem,

Vaše MetaCentrum



 


Ivana Křenková, 27. 1. 2022

Pozvánka na EGI webinar OpenRDM

Vážení uživatelé,


dovolujeme si Vám přeposlat pozvánku na EGI webinář OpenRDM

--


Dear all


I'm please to announce the first webinar in the new year which is related to the current hot topic, Data Space. Register now to reserve your place!

Title: openRDM

Date and Time: Wednesday, 12th January 2022 |14:00 -15:00 PM CEST

Description: The talk will introduce OpenBIS, an Open Biology Information System, designed to facilitate robust data management for a wide variety of experiment types and research subjects. It allows tracking, annotating, and sharing of data throughout distributed research projects in different quantitative sciences.

Agenda: https://indico.egi.eu/event/5753/
Registration: us02web.zoom.us/webinar/register/WN_6xn2eqnjTI60-AtB6FKEEg 

Speaker: Priyasma Bhoumik, Data Expert, ETH Zurich. Priyasma holds a PhD in Computational Sciences, from University of South Carolina, USA. She has worked as a Gates Fellow in Harvard Medical School to explore computational approaches to understanding the immune selection mechanism of HIV, for better vaccine strategy. She moved to Switzerland to join Novartis and has worked in the pharma industry in the field of data science before joining ETHZ.   

If you missed any previous webinars, you can find recordings at our website: https://www.egi.eu/webinars/

Please let's know if there are any topics you are interested in, and we can arrange according to your requests.

Looking forward to seeing you on Wednesday!

Yin

----
Dr Yin Chen
Community Support Officer
EGI Foundation (Amsterdam, The Netherlands)
W: www.egi.eu | E: yin.chen@egi.eu | M: +31 (0)6 3037 3096 | Skype: yin.chen.egi | Twitter: @yinchen16

EGI: Advanced Computing for Research
The EGI Foundation is ISO 9001:2015 and ISO/IEC 20000-1:2011 certified
 


Ivana Křenková, 10. 1. 2022

Zavedení SHM scratchů

Od nynějška je možné používat nový typ scratche, tzv. SHM scratch. Tento scratch je určen pro úlohy, které potřebují extrémně rychlé čtení a zápis z/do souborů. SHM scratch existuje pouze v RAM, proto jsou data v něm uložená neperzistentní a zanikají s pádem nebo skončením úlohy. Více o použití SHM scratchů se dočtete na stránce https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Scratch_storage

S přátelským pozdravem
MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 20. 11. 2021

Zrušení úložišť /storage/brno8 a /storage/ostrava1

 Z důvodu obměny hardware budou úložiště /storage/brno8, resp. /storage/ostrava1 zrušena a 27. 9. 2021 budou odpojena. Data z domovských adresářů budou přesunuta do adresáře /storage/brno2/home/USERNAME/brno8. Tento přesun zajistíme. Žádáme nicméně uživatele, aby na rušených úložištích smazali data, která nechtějí zachovávat, a pomohli nám tak zkrátit proces kopírování.

S přátelským pozdravem
MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 20. 9. 2021

Nástroj pro prodlužování úloh

Připravili jsme nástroj pro prodlužování úloh, který mohou v omezené míře využít uživatelé k prodloužení svých úloh, u kterých neodhadli potřebný čas walltime.

Úlohy je možné prodloužit z příkazové řádky na libovolném frontendu příkazem

qextend <full jobID> <additional_walltime>

Příklad:

(BUSTER)melounova@skirit:~$ qextend 8152779.meta-pbs.metacentrum.cz 01:00:00
The walltime of the job 8152779.meta-pbs.metacentrum.cz has been extended.
Additional walltime:	01:00:00
New walltime:		02:00:00

 

Jako prevence proti nadužívání nástroje (přílišná volnost v prodlužování by velmi ztížila plánování úloh) jsme nastavili následující limity:

Interval je klouzavý. Prodloužení úloh starší 30 dnů jsou „zapomenuta“ a již nezabírají Vaši kvótu.

Více informací najdete v dokumentaci https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Prolong_walltime

 

S přátelským pozdravem
MetaCentrum & CERIT-SC

 


Ivana Křenková, 22. 7. 2021

Rušení Hadoop clusteru

Dobrý den,

oznamujeme, že 15.8.2021 dojde ke zrušení clusteru hador poskytující služby Hadoop. Náhradou je virtualizované prostředí v cloudu, včetně navrhovaného postupu vytvoření jednostrojové nebo vícestrojové varianty clusteru.

Více informací:  https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Hadoop

  

S přátelským pozdravem
MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 21. 7. 2021

Novinky a změny k ukládání dat

1) Zavedení kvót na maximální počet souborů

Vzhledem k narůstajícímu množství dat na našich polích jsou některé diskové operace již neúměrně dlouhé. Problémy způsobují zejména hromadné manipulace s daty (kopírování celých uživatelských adresářů, prohledávání, zálohování apod). Komplikace působí hlavně velké množství souborů, u některých uživatelů jsou to řádově i desítky miliónů.

Rádi bychom vás touto cestou požádali o kontrolu počtu souborů ve vašich domovských adresářích a jejich redukci.  Aktuální stav je uvedený

Kvóta kterou plánujeme zavést bude orientačně 1-2 milióny souborů na uživatele. Věříme, ze pro drtivou většinu z vás bude naprosto dostatečná, v odůvodněných případech bude možno ji navýšit obdobně jako datovou kvótu.

Kvóty plánujeme zavádět postupně v následujících měsících. Při redukci počtu souborů využívejte prosím přistup přímo přes frontendy diskových polí, jak je uvedeno na naší wiki v sekci Práce s daty: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Prace_s_daty

2) Zobrazení způsobu zálohovaní jednotlivých polí

Informace o způsobu zálohování jednotlivých polí jsou uvedeny na výše zmíněné wiki stránce Práce s daty, včetně doporučení jak nakládat s různými typy dat. I když bychom rádi zálohovali vše, není to ekonomicky či technicky vždy možné. Jakkoli jsou nehody vedoucí ke ztrátě dat řídké, rádi bychom opět zdůraznili, že ne každé pole je zálohované a je vhodné na to pamatovat při ukládání důležitých dat.

Abychom vám usnadnili orientaci v režimu záloh jednotlivých polí, nově ji zobrazujeme i v tabulce MOTD při každém přihlášení na výpočetní frontend.

3) Omezení možnosti zápisu do domovských adresářů cizími uživateli

Kvůli zvýšení bezpečnosti našich uživatelů jsme se rozhodli zrušit možnost zápisu cizími uživateli (ACL group a other) do kořenových domovských adresářů, ve kterých se nachází citlivé soubory typu .k5login, .profile apod, u kterých není žádoucí, aby s nimi mohl manipulovat někdo jiný než vlastník.

Proto budeme od 1.7. práva zápisu kontrolovat a strojově odebírat. Možnost zápisu do dalších podadresářů, typicky z důvodu sdílení dat v rámci skupiny, zůstává i nadále zachována.

Více informací naleznete na našich wiki stránkách v sekci Sdílení dat ve skupině:

https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Sdileni_dat_ve_skupine

  

S přátelským pozdravem
MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 7. 6. 2021

Novinky k posílení bezpečnosti uživatelských dat

V rámci zvyšování bezpečnostních standardů zavádí Metacentrum 2 novinky:

1) Nový mechanismus monitoringu uživatelských přístupů, jehož cílem je předejít zneužití odcizených přihlašovacích údajů. Nově bude lokace, ze které se uživatel přihlašuje, porovnávána s historií přístupů daného uživatele. V případě, že bude detekováno přihlášení z dosud neznámé lokace, bude uživateli zaslán informační e-mail spolu s žádostí o kontrolu, zda přihlášení skutečně provedl on.

Žádáme uživatele, aby v případě, že zjistí nesrovnalosti, postupovali podle pokynů v informačním e-mailu.

 

2) Změna šifrování uživatelských hesel. Během úprav bezpečnostní archiktury Metacentra bylo nutné zavést podporu pro nové šifrovací metody, které se používají během přihlašování. K dokončení procesu je nezbytné, aby si uživatelé, kterých se změny týkají, změnili heslo. Samotné heslo není nutné měnit, pouze připomínáme na nutnost používat dostatečně silná hesla.

Uživatele, kterých se změna týká, budeme o nutnosti změnit heslo v následujících týdnech informovat e-mailem.  Připomínáme, že změna hesla se provádí na portále Metacentra na odkazu https://metavo.metacentrum.cz/cs/myaccount/heslo.html

 

S přátelským pozdravem
MetaCentrum & CERIT-SC

 


Ivana Křenková, 7. 5. 2021

Ohlédnutí za Seminářem gridového počítání 2021

Vážení uživatelé,

dne 21. dubna 2021 proběhl další (desátý) ročník Semináře gridového počítání 2021, tentokráte jako součást třídenní online Konference CESNET 25 http://www.cesnet.cz/konferenceCESNET.

Prezentace z celé konference jsou zveřejněné na stránce konference

 

Prezentace a videozáznamy ze Semináře gridového počítání, včetně hands-on, jsou k dispozici na webu MetaCentra: https://metavo.metacentrum.cz/cs/seminars/seminar2021/index.html

  

S přátelským pozdravem
MetaCentrum & CERIT-SC

 

KON-CESNET-25let-final-3


Ivana Křenková, 23. 4. 2021

Dnes začíná online konference CESNET 25

Vážení uživatelé,

dnes začíná Konference e-infrastruktury CESNET!

Zítra proběhne náš Seminář gridového počítání 2021

Konference probíhá od úterý 20. 4. do čtvrtka 22. 4. Dopolední sekce začínají v 9:00 a odpolední ve 13:00.

Ke konferenci se připojte přes ZOOM.

20.4.

21.4.

22.4.

Konference také poběží také přes YouTube, odkaz najdete na webu http://www.cesnet.cz/konferenceCESNET v programu u každé sekce.

 

Podrobný program našeho MetaCentrového semináře: https://metavo.metacentrum.cz/cs/seminars/seminar2021/index.html. Zde budou po skončení akce zveřejněny prezentace ze semináře.

 

Těšíme se na viděnou!

S přátelským pozdravem
MetaCentrum & CERIT-SC

 

KON-CESNET-25let-final-3


Ivana Křenková, 20. 4. 2021

Pozvánka na online Seminář gridového počítání 21. 4. 2021

Vážení uživatelé,

Dovolujeme si Vás tímto pozvat k účasti na Seminář gridového počítání 2021.

KDY: 21. 4. 2021

KDE: online (před začátkem akce Vám přijde link, pomocí kterého se připojíte na konferenci)

PROGRAM:

V dopolední části našeho semináře zazní přednášky o novinkách v MetaCentru, CERIT-SC i IT4Innovation. Kromě toho se představí naše národní aktivity v prostředí European Open Science Cloud a zazní zkušenosti z naší spolupráce s uživatelskou komunitou ESA, konkrétně o zpracovávání a uchovávání dat z družic Sentinel.

V odpolední části Semináře gridového počítání proběhne prakticky zaměřený Hands-on seminář, který se skládá z 6 samostatných tutorialů na téma obecné rady, grafická prostředí, kontejnery, podpora AI, JupyterNotebooks, nadstavba nad MetaCloudem,...

 

Seminář je součástí třídenní konference e-infrastruktury CESNET 2021 https://www.cesnet.cz/akce/konferencecesnet/, která se koná 20. - 22. 4. 2021.

konference-CESNET-25let

REGISTRACE:

Program semináře, konference a registrace na konferenci: https://metavo.metacentrum.cz/cs/seminars/seminar2021/index.html

 

Těšíme se na viděnou!

S přátelským pozdravem
MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 9. 4. 2021

Dotazník -- využití Galaxy portálu pro výpočetní analýzu

Vážení uživatelé,

Pokud Vaše práce souvisí s výpočetní analýzou, a používáte nebo uvažujete o využití grafického portálu Galaxy, prosíme, vyplňte krátký dotazník české komunity Galaxy:

https://bit.ly/czech-gxy

Cílem dotazníku je zmapovat zájmy českých vědeckých komunit, z nichž některé již Galaxy využívají, např. RepeatExplorer (https://repeatexplorer-elixir.cerit-sc.cz/) nebo naše vlastní instance MetaCentra (https://galaxy.metacentrum.cz/), nebo provozují vlastní instance. Chceme identifikovat zájmy a zaměřit na ně naše tréninkové a terénní úsilí.

Spolu s komunitním dotazníkem také spouštíme Galaxy-Czech mailing list na adrese

https://lists.galaxyproject.org/lists/galaxy-czech.lists.galaxyproject.org/

Je volně přístupný a bude sloužit k informování zájemců o novinkách a připravovovaných akcích napříč všemi instancemi Galaxy, podpoře komunitní diskuse a informačnímu propojení s dalšími národními nebo aktuálními komunitami Galaxy. Pokud Vás zajímá, co se děje v komunitě Galaxy, přihlaste se k odběru.

 
S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 3. 3. 2021

Nové clustery v MetaCentru / PřF UK/

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nové clustery Přírodovědecké fakulty Uiverzity Karlovy v Praze (1328 jader CPU)

1) nový GPU stroj cha.natur.cuni.cz (lokalita Praha, vlastník UK), 1 uzel, 32 jader CPU, s následující specifikací:

2) nový cluster mor.natur.cuni.cz (lokalita Praha, vlastník UK), 4 uzly, 80 jader CPU, s následující specifikací každého uzlu:

3) nový cluster pcr.natur.cuni.cz (lokalita Praha, vlastník UK), 16 uzlů, 1024 jader CPU, s následující specifikací každého uzlu:

4) nový GPU cluster fau.natur.cuni.cz (lokalita Praha, vlastník UK), 3 uzly, 192 jader CPU, s následující specifikací každého uzlu:

Clustery jsou dostupné v prostředí plánovacího serveru @pbs-meta prostřednictvím standardních krátkých front, fronty gpu a prioritní fronty vlastníka  "cucam".

 

 Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.

 

 


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 10. 2. 2021

Nový GPU cluster v CERIT-SC

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový cluster:

zia.cerit-sc.cz (lokalita Brno, vlastník CERIT-SC), 5 uzlů, 640 jader CPU a GPU kartami NVIDIA A100, s následující specifikací každého uzlu:

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @pbs-cerit prostřednictvím standardních krátkých front a prioritní fronty gpu.

Vyjímečná specifikace clusteru

Cluster je vybavený aktuálně nejvýkonnějšími grafickými akcelerátory NVIDIA A100 https://www.nvidia.com/en-us/data-center/a100/ . Na těchto grafických kartách je možné ještě více urychlit mnoho masivně paralelních úloh a vědeckých (HPC) aplikací nebo efektivněji řešit algoritmy umělé inteligence (AI).

Mezi hlavní výhody NVIDIA A100 patří specializovaná Tensor jádra pro machine learning aplikace nebo velká paměť (40 GB na každý akcelerátor). Podporuje výpočty pomocí tensor jader s různou přesností, kromě INT4, INT8, BF16, FP16, FP64 přibyl i nový formát TF32.
 

Na clusterech CERIT-SC je možné využívat dockerové obrazy z NVIDIA GPU Cloud (NGC) -- nejpoužívanější prostředí pro vývoj machine learning a deep learning aplikací, HPC aplikací nebo vizualizaci akcelerovanou NVIDIA GPU kartami. Nasazení těchto aplikací je pak otázkou zkopírování odkazu na příslušný Docker obraz, jeho spuštění spuštění v Docker kontejneru (v Podmanovi, alternativně v Singularity). Více informací najdete na https://wiki.metacentrum.cz/wiki/NVidia_deep_learning_frameworks

 

Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 8. 2. 2021

Pozvánka na LUMI ROADSHOW

Vážení uživatelé,


dovolujeme si Vám přeposlat pozvánku na LUMI ROADSHOW

--

 

Dear Madam/Sir,

We invite you to a new EuroHPC ivent:

LUMI ROADSHOW
 

The EuroHPC LUMI supercomputer, currently under deployment in Kajaani, Finland, will be one of the world’s fastest computing systems with performance over 550 PFlop/s. The LUMI supercomputer is procured jointly by the EuroHPC Joint Undertaking and the LUMI consortium. IT4Innovations is one of the LUMI consortium members.

We are organizing a special event to introduce the LUMI supercomputer and to make the first early access call for pilot testing of this World’s unique infrastructure, which is exclusive to the consortium's member states.  

Part of this event will also be introducing the Czech National Competence Center in HPC. IT4Innovations joined the EuroCC project which was kicked off by the EuroHPC JU in September and is now establishing the National Competence Center for HPC in the Czech Republic. It will help share knowledge and expertise in HPC and implement supporting activities of this field focused on industry, academia, and public administration.

Register now for this event which will take place online on February 17, 2021! This event will gather the main Czech stakeholders from the HPC community together!

The event will be held in English.

Event webpage: https://events.it4i.cz/e/LUMI_Roadshow


Ivana Křenková, 8. 2. 2021

Nové clustery v MetaCentru / ELIXIR-CZ / CERIT-SC

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nové clustery:

1) nový cluster kirke.meta.czu.cz (lokalita Plzeň, vlastník CESNET), 60 uzlů, 3840 jader CPU, s následující specifikací každého uzlu:

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @pbs-meta prostřednictvím standardních front.

 

2) nový cluster elwe.hw.elixir-czech.cz (lokalita Praha, vlastník ELIXIR-CZ), 20 uzlů, 1280 jader CPU, s následující specifikací každého uzlu:

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @pbs-elixir prostřednictvím speciálních front s přednostním právem přístupu pro členy národního uzlu ELIXIR-CZ

3) nový cluster eltu.hw.elixir-czech.cz (lokalita Vestec, vlastník ELIXIR-CZ), 2 uzly, 192 jader CPU, s následující specifikací každého uzlu:

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @pbs-elixir prostřednictvím speciálních front s přednostním právem přístupu pro členy národního uzlu ELIXIR-CZ

 

4) nový cluster samson.ueb.cas.cz (vlastník Ústav experimentální botaniky AV ČR, Olomouc), 1 uzel, 112 jader CPU, s následující specifikací každého uzlu:

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @pbs-cerit prostřednictvím prioritních front prio a ueb pro vlastníky clusteru a standardních front s maximální delkou 2 dny pro ostatní uživatele.

 

 Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.

 

 


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 6. 1. 2021

Nový HD/GPU cluster v CERIT-SC

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový cluster

gita.cerit-sc.cz (lokalita Brno, vlastník CERIT-SC), 14 +14 uzlů, 892 jader CP, polovina uzlů osazena GPU kartami NVIDIA 2080 TI; s následující specifikací každého uzlu:

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @pbs-cerit prostřednictvím standardních front a prioritní fronty gpu.

 

Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

 


Ivana Křenková, 4. 1. 2021

Upgrade PBS

V MetaCentru/CERIT-SC dojde tento týden k upgrade všech PBS serverů na novou verzi.

Mezi největší změny bude patřit zapnutí notifikací o zabítí úloh, které bude rozesílat PBS bezprostředně po násilném zabití úlohy z důvodu překročení mem, cpu anebo walltime.

Nové nastavení se projeví postupně, až po restartu všech výpočetních uzlů.

Více informací najdete v dokumentaci:

https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Pruvodce_pro_zacatecniky#Ukon.C4.8Den.C3.AD_.C3.BAlohy 

https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Beginners_guide#Job_termination

S omluvou za komplikace,

Vaše MetaCentrum


Ivana Křenková, 8. 12. 2020

Reinstalace strojů na Debian10

V posledních několika týdnech probíhá upgrade OS z Debian9 na Debian10 na většině frontendů a výpočetních strojů. Strojů z OS Centos se upgrade netýká.

 

Brzy nebude k dispozici žádný výpočetní stroj s OS Debian9, odstraňte prosím ze svých úloh požadavek os=debian9, úlohy s tímto požadavkem se spouštět nebudou.

 

Problémy s kompatibilitou některých aplikací s OS Debian10 průběžně řešíme rekompilací nových SW modulů. Pokud narazíte na problém u své aplikace, vyzkoušejte přidání modulu debian9-compat na začátek spouštěcího skriptu. Pokud problémy přetrvávají (chybějící knihovny atd.), dejte nám vědět na meta(at)cesnet.cz.

 

Seznam uzlů s OS Debian9/Debian10/Centos7 je možné zobrazit v seznamu vlastností ve webové aplikaci PBSMon:

* https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props?property=os%3Ddebian9

* https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props?property=os%3Ddebian10

* https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props?property=os%3Dcentos7 

 

Seznam frontendů včetně aktuálního OS je k dispozici na wiki https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Frontend

 

Poznámka: Některé speciální stroje dostupné ve speciálních frontách mohou mít odlišný OS, např. urga, ungu (ve frontě uv@wagap-pro) a phi (ve frontě phi@wagap-pro) běží na OS CentOS 7. 


Ivana Křenková, 13. 10. 2020

Informační emaily o stavu úloh budou agregovány

Vážení uživatelé,

vzhledem k tomu, že při rozesílání emailů informujících o změně stavu výpočetní úlohy dochází v některých případech (velké množství úloh) k problémům se spam filtry, rozhodli jsme se od nynějška rozesílat tyto emaily agregovaně za časový interval 30 minut. To se týká emailů informujících o konci nebo pádu úlohy. Emaily informující o započetí úlohy budou i nadále odesílány okamžitě.

Více informací o parametrech agregace na https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Email_notifications

 

 

 


Ivana Křenková, 11. 10. 2020

Pozvánka na PRACE training course Parallel Visualization of Scientific Data using Blender

Vážení uživatelé,


dovolujeme si Vám přeposlat pozvánku na PRACE training course

--

 

Dear Madam/Sir, 

We invite you to a new PRACE training course, organized by IT4Innovations National Supercomputing Center, with the title:
 

Parallel Visualization of Scientific Data using Blender
 
Basic information:
Date: Thu September 24, 2020,
9:30am - 4:30pm
Registration deadline: Wed September 16, 2020
Venue: IT4Innovations, Studentska 1b, Ostrava
Tutors: Petr Strakoš, Milan Jaroš, Alena Ješko (IT4Innovations)

Level: Beginners
Language: English
Main web page:
https://events.prace-ri.eu/e/ParVis-09-2020


The course, an enriched rerun of a successful training from 2019, will focus on visualization of scientific data that can arise from simulations of different physical phenomena (e.g. fluid dynamics, structural analysis, etc.). To create visually pleasing outputs of such data, a path tracing rendering method will be used within the popular 3D creation suite Blender. We shall introduce two of our plug-ins we have developed: Covise Nodes and Bheappe. The first is used to extend Blender capabilities to process scientific data, while the latter integrates cluster rendering in Blender. Moreover, we shall demonstrate basics of Blender, present a data visualization example, and render a created scene on a supercomputer.
 
This training is a PRACE Training Centre course (PTC), co-funded by the Partnership of Advanced Computing in Europe (PRACE).
 
For more information and registration please visit
https://events.prace-ri.eu/e/ParVis-09-2020 or https://events.it4i.cz/e/ParVis-09-2020.
 
PLEASE NOTE: The organization of the course will be adapted to the current COVID-19 regulations and participants must comply with them. In case of the forced reduction of the number of participants, earlier registrations will be given priority.


We look forward to meeting you on the course.

Best regards, 
Training Team IT4Innovations

training@it4i.cz

                         


Ivana Křenková, 5. 8. 2020

MetaCloud - Load Balancer as a Service

Vážený uživateli služby MetaCentrum Cloud.
 

Rádi bychom vás informovali ohledně nové služby nasazené v rámci služby MetaCentrum Cloud. Load Balancer as a Service je služba umožňující přes OpenStack API/GUI vytvářet a spravovat load balancery pomocí kterých lze následně zprostředkovat přístup ke službám provozovaným v rámci služby MetaCentrum Cloud.

Krátký popis služby a odkaz na dokumentaci naleznete na https://cloud.gitlab-pages.ics.muni.cz/documentation/gui/#lbaas.

S pozdravem
Tým MetaCentrum Cloud
cloud.metacentrum.cz


Ivana Křenková, 27. 7. 2020

Novinky infrastruktury MetaCentrum & CERIT-SC

Novinky infrastruktury MetaCentrum & CERIT-SC


1) Nové webové rozhraní pro spouštění grafických SW -- OnDemand

OpenOnDemand je služba, která uživateli umožňuje přístup k výpočetním prostředkům CERIT-SC prostřednictvím webového prohlížeče v grafickém režimu. Mezi aktuálně dostupné aplikace patří Matlab, ANSYS a VMD, další budou podle zájmu přibývat. Pro webové rozhraní Open OnDemand https://ondemand.cerit-sc.cz/ je přihlašovací jméno a heslo stejné jako pro Metacentrum.

V případě dotazů kontaktujte support@cerit-sc.cz

Více informací je k dispozici v dokumentaci  https://wiki.metacentrum.cz/wiki/OnDemand

 

2) Frameworky pro deep learning (NGC) jsou k dispozici v MetaCentru

Na strojích v MetaCentru je nyní nově možné využít frameworky pro deep learning z NVIDIA GPU Cloudu. Frameworky je možné spouštět jak v Singularity (celé MetaCentrum), tak Dockeru (Podman; jen CERIT-SC).

Více informací je k dispozici v dokumentaci https://wiki.metacentrum.cz/wiki/NVidia_deep_learning_frameworks

  


3) Část SW jsme zpřístupnili přes CVMFS (CernVM filesystem)

CVMFS (CernVM filesystem) je souborový systém vyvinutý v Cernu, který umožňuje rychlé, škálovatelné a spolehlivé nasazení softwaru na distribuované výpočetní infrastruktuře. CVMFS je souborový systém jen pro čtení, v MetaCentru jej používáme pro ukládání některých SW modulů (alternativa AFS). Podobně jako svazky AFS je dostupný jako klientský software pro přístup k CVMFS repozitářům a serverových nástrojů pro vytváření nových repozitářů typu CVMFS.

Více informací je k dispozici v dokumentaci https://wiki.metacentrum.cz/wiki/CVMFS

 

 


Ivana Křenková, 10. 7. 2020

IT4I NEWS: Služba na podporu výzkumu a vývoje

Vážení uživatelé,
dovolte nám, abychom Vás informovali o službě na podporu výzkumu a 
vývoje, kterou IT4Innovations poskytuje v rámci mezinárodního H2020 
projektu Centrum excelence POP2.

Jedná se o *Bezplatnou asistenci v oblasti optimalizace výkonu 
paralelních aplikací*. Služba je určena nejen pro všechny 
akademicko-vědecké pracovníky, ale i pracovníky firem, kteří vyvíjí nebo 
používají paralelní kódy a nástroje a hodí se jim odborná pomoc s jejich 
optimalizací pro efektivní spouštění na HPC systémech.

V případě zájmu nás neváhejte kontaktovat: info@it4i.cz 
<mailto:info@it4i.cz>.

S pozdravem,
Vaše IT4Innovations

Ivana Křenková, 2. 6. 2020

Pozvánka na NVIDIA AI & HPC ACADEMY 2020

Vážení uživatelé,


dovolujeme si Vám přeposlat pozvánku na

NVIDIA AI & HPC ACADEMY 2020

3rd February to 6th February, 2020

IT4Innovations and M Computers would like to invite you to three full day NVIDIA Deep Learning Institute certified training courses to learn more about Artificial Intelligence (AI) and High Performance Computing (HPC) development for NVIDIA GPUs.

The first half day is an introduction by IT4Innovations and M Computers about the latest state of the art NVIDIA technologies. We also explain our services offered for AI and HPC, for industrial and academic users. The introduction will include a tour though IT4Innovations‘ computing center, which hosts an NVIDIA DGX-2 system and the new Barbora cluster with V100 GPUs.

The first full day training course, Fundamentals of Deep Learning for Computer Vision, is provided by IT4Innovations and gives you an introduction to AI development for NVIDIA GPUs.

Two further HPC related full day courses, Fundamentals of Accelerated Computing with CUDA C/C++ and Fundamentals of Accelerated Computing with OpenACC, are delivered as PRACE training courses through the collaboration with the Leibniz Supercomputing Centre of the Bavarian Academy of Sciences (Germany).

We are pleased to be able to offer the course Fundamentals of Deep Learning for Computer Vision to industry free of charge, for the first time. Further courses for industry may be instigated upon request.

Academic users can participate free of charge for all three courses.

Více informací naleznete na http://nvidiaacademy.it4i.cz/

 


Ivana Křenková, 13. 1. 2020

Upgrade PBS serverů - arien a elixir

Po úspěšném upgrade PBS serveru v CERIT-SC zahájíme ve středu 8. 1. upgrade ostaních PBS serverů (arien-pro a pbs.elixir-czech.cz) na novou, nekompatibilní verzi (jiná implementace Kerbera). Připravujeme proto nové PBS servery a stávající PBS servery budou, po doběhnutí úloh, odstaveny z provozu:

Harmonogram přesunu na nové servery a dopady na úlohy a uživatele

 

S omluvou za komplikace,

Vaše MetaCentrum


Ivana Křenková, 7. 1. 2020

Upgrade PBS serverů

V MetaCentru/CERIT-SC dojde k upgrade všech PBS serverů na novou, nekompatibilní verzi (jiná implementace Kerbera). Připravujeme proto nové PBS servery a stávající PBS servery budou, po doběhnutí úloh, odstaveny z provozu:

Harmonogram přesunu na nové servery a dopady na úlohy a uživatele

 

S omluvou za komplikace,

Vaše MetaCentrum


Ivana Křenková, 13. 11. 2019

Novinky infrastruktury MetaCentrum & CERIT-SC

  1. Nový GPU cluster pro umělou inteligenci
  2. Začlenění clusteru a diskového pole Botanického ústavu AV ČR v Průhonicích
  3. Přesun clusteru zenon (hde.cerit-sc.cz) centra CERIT-SC do OpenStacku, upgrade na Debian10


1) Nový GPU cluster pro umělou inteligenci -- adan.grid.cesnet.cz (1952 CPU) - Stroj s 192GB RAM, 2x 16-core Xeon a 2x nVidia Tesla T4 16GB

Pro přístup do fronty 'adan' je potřeba speciální oprávnění. Pokud máte zájem stát se AI testerem, konraktujte nás na meta(at)cesnet.cz.

Jméno ADAN není náhodné, ve světě J. R. R. Tolkiena označuje v elfském jazyce „člověka“. Cluster ADAN je díky svým parametrům určen zejména pro tzv. strojové učení (machine learning), které spadá do sféry umělé inteligence.

Tip: Pokud narazíte na problém s kompatibilitou mezi jednotlivými generacemi GPU karet, je možné omezit výběr strojů s určitou generací karet pomocí parametru gpu_cap=[cuda20,cuda35,cuda61,cuda70,cuda75].

 

  

2) Začlenění clusterů a diskového pole Botanického ústavu AV ČR v Průhonicích

Dále byl zprovozněn frontend tilia.ibot.cas.cz (s aliasem tilia.metacentrum.cz) a diskové pole /storage/pruhonice1-ibot/home dedikovane pro skupinu ibot.
 

Clustery jsou dostupné prostřednictvím fronty 'ibot' (vyhrazené vlastníkům clusteru). Po otestování bude pravděpodobně zpřístupněný prostřednictvím krátkých standardních front.

Pravidla využití jsou dostupné na stránce vlastníka clusteru: https://sorbus.ibot.cas.cz/


3) Přesun clusteru zenon hde.cerit-sc.cz centra CERIT-SC do OpenStacku, upgrade OS na Debian10


Aktuálně probíhá stěhování clusteru zenon.cerit-sc.cz (1888 CPU, 60 uzlů) do OpenStacku, během několika dní bude znovu přístupný přes PBS server wagap-pro. Zároveň probíhá upgrade operačního systému na Debian10.

Cluster bude dostupný stejným způsobem jako doposud (PBS server wagap-pro, běžné fronty).


Problémy s kompatibilitou některých aplikací s OS Debian10 průběžně řešíme rekompilací nových SW modulů. Pokud narazíte na problém u své aplikace, vyzkoušejte přidání modulu debian9-compat na začátek spouštěcího skriptu. Pokud problémy přetrvávají, dejte nám vědět na meta(at)cesnet.cz.


Seznam uzlů s OS Debian9/Debian10/Centos7 je možné zobrazit v seznamu vlastností ve webové aplikaci PBSMon:

https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props?property=os%3Ddebian9
https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props?property=os%3Ddebian10
https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props?property=os%3Dcentos7 


Ivana Křenková, 30. 10. 2019

Nový stroj typu "UV" HPE Superdome Flex

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový stroj ursa.cerit-sc.cz (lokalita Brno, vlastník CERIT-SC), 1 uzel, 504 CPU jader, 10 TB RAM.

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @wagap-pro prostřednictvím fronty UV.

Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.

 


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

Ivana Křenková, 19. 7. 2019

MetaCloud - přechod na OpenStack cloud2.metacentrum.cz

Vážení uživatelé,

v souvislosti s přípravou nového cloudového prostředí postaveného na OpenStacku, není od 5. 6. 2019 dovoleno zakládat nové vm v OpenNebule. Běžící virtuály budou v průběhu několika týdnů přemigrovány do nového prostředí. O migraci informujeme vlastníky vm individuelně.

Pro spouštění nových vm využijte rovnou nové prostředí založené na OpenStacku https://cloud2.metacentrum.cz/ .

 

S přátelským pozdravem

MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 5. 6. 2019

Ohlédnutí za devátým ročníkem Semináře gridového počítání 2019

Vážení uživatelé,

dne 30. ledna 2019 proběhl na ČVUT v Praze další (devátý) ročník Semináře gridového počítání 2019, tentokráte jako součást dvoudenní Konference e-Infrastruktutury CESNET 2019 https://konference.cesnet.cz. První den konference zazněly obecné průřezové přednášky z portfolia služeb CESNETu a druhý den semináře proběhly 4 paralelní sekce a 2 Hands-on semináře.

Prezentace z celé konference jsou zveřejněné na stránce konference https://konference.cesnet.cz. Videozáznam z konference je k dispozici na Youtube https://www.youtube.com/playlist?list=PLvwguJ6ySH1cdCfhUHrwwrChhysmO6IU7

Prezentace ze Semináře gridového počítání, včetně hands-on, jsou k dispozici na webu MetaCentra: https://metavo.metacentrum.cz/cs/seminars/seminar2019/index.html

S přátelským pozdravem

MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 8. 2. 2019

Pozvánka na Seminář gridového počítání 2019

Vážení uživatelé,

Dovolujeme si Vás tímto pozvat k účasti na Seminář gridového počítání 2019, který se koná 30. ledna 2019 v Nové budově ČVUT (Thákurova 9) v Praze 6.

Seminář gridového počítání 2019 bude zaměřen na zpracování, analýzu a ukládání dat a představení novinek v gridovém a cloudovém prostředí MetaCentrum a CERIT-SC. V rámci semináře zazní zvaná přednáška o nových produktech NVIDIA v oblasti vědeckých výpočtů.

Po ukončení Semináře gridového počítání proběhne prakticky zaměřený Hands-on seminář (kapacita omezená na 15 osob).

Program semináře a další informace: https://metavo.metacentrum.cz/cs/seminars/seminar2019/index.html

 


Seminář je součástí dvoudenní konference CESNET 2019 https://konference.cesnet.cz (29. - 30. 1. 2019). První den konference zazní obecné průřezové přednášky z portfolia služeb CESNETu a druhý den semináře budou 4 paralelní sekce a 2 Hands-on semináře:

 

Účast na konferenci (a Semináři gridového počítání) je podmíněná registrací ma konferenci a je bezplatná. Pokud se chcete zúčastnit prakticky zaměřeného Hands-on semináře MetaCentra / CERIT-SC, nezapomeňte se na něj zaregistrovat zvlášť.

Těšíme se na viděnou!

S přátelským pozdravem
MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 20. 12. 2018

Nový cluster charon.nti.tul.cz a nové pole /storage/liberec3-tul/

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový cluster charon.nti.tul.cz (lokalita Liberec, vlastník TUL), 20 uzlů, 400 CPU jader.

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @arien-pro prostřednictvím standardních front a prioritní fronty charon, která je dostupná vlastníkům clusteru (skupina charon).

Novy frontend bude i nadale pristupny pod jmene charon.metacentrum.cz (z duvodu zpetne kompatibility zachovame i alias charon-ft.metacentrum.cz.

Cluster běží na OS Debian9, v případě problémů s kompatibilitou vyzkoušejte přidání modulu debian8-compat.

Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.

 

Nové pole  /storage/liberec3-tul/home/

Nové pole (30 TB) bude sloužit jako domovský adresář na clusteru charon a bude dostupné v adreséři /storage/liberec3-tul/ na všech strojích Metacentra, členové skupiny charon zde budou mit nastavenu kvotu 1 TB, všichni ostatní 10 GB.


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

Ivana Křenková, 10. 12. 2018

Nový cluster nympha.zcu.cz

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový cluster nympha.zcu.cz (lokalita Plzeň, vlastník CESNET), 64 uzlů, 2048 CPU jader.

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @arien-pro prostřednictvím standardních front. Ze začátku jsou podporovány pouze krátké úlohy.

Cluster běží na OS Debian9, v případě problémů s kompatibilitou vyzkoušejte přidání modulu debian8-compat.

Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

Ivana Křenková, 29. 11. 2018

The European Open Science Cloud – oficiální zahájení

CESNET a CERIT-SC se podílejí na projektu EOSC – The European Open Science Cloud, který má za cíl poskytnou důvěryhodné prostředí s volně dostupnými službami určené pro uchovávání dat, jejich správu, sdílení, analýzu a opakované použití pro všechny vědecké disciplíny. V rámci oficiálního zahájení ve Vídni je představen EOSC Portal, který poskytuje přístup k datům, službám a zdrojům. Je zdrojem aktuálních informací o iniciativě EOSC, včetně osvědčených postupů, řízení a uživatelských příběhů.


Ivana Křenková, 23. 11. 2018

Nové diskové pole /storage/brno1-cerit/home a rušení /storage/brno4-cerit-hsm

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nové diskové pole /storage/brno1-cerit/home s kapacitou 1,8 PB (lokalita Brno, vlastník CERIT-SC).

Zároveň došlo k odstavení /storage/brno4-cerit-hsm. Všechna data z něj byla přesunuta na nové pole /storage/brno1-cerit/home a jsou přístupná rovněž pod původním symlinkem.

Pozor: Na stroj storage-brno4-cerit-hsm.metacentrum.cz se už nelze hlásit přímo. Pro přístup ke svým datům se hlaste na nové pole. Přehled NFS4 diskových polí najdete na wiki https://wiki.metacentrum.cz/wiki/NFS4_Servery


Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů a datových úložišť je k dispozici na https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/nodes/physical.

 
S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

Ivana Křenková, 15. 10. 2018

Nový cluster zenon.cerit-sc.cz

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový cluster zenon.cerit-sc.cz (lokalita Brno, vlastník CERIT-SC), 60 uzlů, 1920 CPU jader.

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @wagap-pro prostřednictvím standardních front.

Cluster běží na OS Debian9, v případě problémů s kompatibilitou vyzkoušejte přidání modulu debian8-compat.

Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

Ivana Křenková, 24. 9. 2018

Novinky infrastruktury

  1. Nový GPU stroj grimbold s 2x nVidia Tesla P100 a rozšíření glados1 o 1x nVidia TITAN V
  2. Dokončení přechodu na OS Debian9
  3. Nové moduly Amber (GPU i MPI)


1) Nový GPU stroj grimbold s 2x nVidia Tesla P100 a rozšíření glados1 o nVidia TITAN V

Cluster je dostupný prostřednictvím 'gpu' fronty a krátkých standardních front.

Kvůli problémům s kompatibilitou nějkterých SW je tato karta k dispozici ve speciální frontě gpu_titan na PBS serveru wagap-pro.

 

Všechny GPU stroje běží již na OS Debian9, v případě problémů s kompatibilitou vyzkoušejte přidání modulu debian8-compat.

Pokud narazíte na problém s kompatibilitou mezi jednotlivými generacemi GPU karet, je možné omezit výběr strojů s určitou generací karet pomocí parametru gpu_cap=[cuda20,cuda35,cuda61,cuda70].

Aktuálně jsou k dispozici následující GPU fronty:

  

2) Dokončení přechodu na OS Debian9

V krátké době bude dokončen upgrade strojů s OS Debian8 na Debian9 v obou plánovacích systémech. Vyjímkou jsou staré stroje běžící na OS Debian8 v CERIT-SC (již po záruce), které budou vyřazené z provozu pravděpodobně na podzim a nemá u nich smysl upgrade provádět.

Problémy s kompatibilitou některých aplikací s OS Debian9 průběžně řešíme rekompilací nových SW modulů. Pokud narazíte na problém u své aplikace, vyzkoušejte přidání modulu debian8-compat na začátek spouštěcího skriptu. Pokud problémy přetrvávají, dejte nám vědět na meta@cesnet.cz .

Stroje s jiným OS (centos7) budou i nadále k dispozici přes speciální fronty: např. urga, ungu (ve frontě uv@wagap-pro) a phi (ve frontě phi@wagap-pro)



Seznam uzlů s OS Debian9/Debian8/Centos7 je možné zobrazit v seznamu vlastností ve webové aplikaci PBSMon:

https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props?property=os%3Ddebian9
https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props?property=os%3Ddebian8
https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props?property=os%3Dcentos7

 

3) Nové moduly Amber (GPU i MPI)

Moduly amber-14-gpu8 a amber-16-gpu zpřístupňují všechny verze binárek, nejen pro GPU (paralelní verze a verze pro GPU jsou odlišeny standardně příponami .MPI resp. .cuda a .cuda.MPI), a jsou kompilovány pro os=debian9

Všechny GPU stroje již nyní běží pod OS Debian9, ale pokud není v zadání úlohy explicitně požadována GPU, je třeba os=debian9 explicitně zadávat, dokud běží neupgradované stroje.

Doporučujeme používat tyto nové balíčky (lépe optimalizované než starší modul amber-16).

 


Ivana Křenková, 9. 8. 2018

Pozvánka na akci Cray & NVIDIA DLI

Vážení uživatelé,

s potěšením přeposíláme pozvánku:

 

We would like to invite you to this new training event at HLRS Stuttgart on Sep 19, 2018.


To help organizations solve the most challenging problems using AI and deep learning NVIDIA Deep Learning Institute (DLI), Cray and HLRS are organizing a 1-day workshop on Deep Learning which combines business presentations and practical hands-on sessions.

In this Deep Learning workshop you will learn how to design and train neural networks on multi-GPU systems.

This workshop is offered free of charge but numbers are limited.
The workshop will be run in English.

https://www.hlrs.de/training/2018/DLW

With kind regards
Nurcan Rasig and Bastian Koller

-------
Nurcan Rasig | Sales Manager
Office +49 7261 978 304 | Cell +49 160 701 9582 |  nrasig@cray.com

Cray Computer Deutschland GmbH ∙ Maximilianstrasse 54 ∙ D-80538 Muenchen
Tel. +49 (0)800 0005846 ∙ www.cray.com
Sitz: Muenchen ∙ Registergericht: Muenchen HRB 220596
Geschaeftsfuehrer: Peter J. Ungaro, Mike C. Piraino, Dominik Ulmer.
Hope to see you there!


Ivana Křenková, 25. 7. 2018

Zprovoznili jsme nový GPU stroj

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový GPU stroj white1.cerit-sc.cz (lokalita Brno, vlastník CERIT-SC), 24 CPU jader.

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @wagap-pro prostřednictvím 'gpu' fronty a krátkých standardních front.

Cluster běží na OS Debian9, v případě problémů s kompatibilitou vyzkoušejte přidání modulu debian8-compat.

Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

Ivana Křenková, 2. 7. 2018

Pozvánka na akci "TURBOMOLE Users Meet Developers"

Vážení uživatelé,

s potěšením přeposíláme pozvánku na setkání uživatelů Turbomole:


TURBOMOLE Users Meet Developers
20 - 22 September 2018 in Jena, Germany

This meeting will bring together the community of Turbomole developers and users to highlight selected applications demonstrating new features and capabilities of the code, present new theoretical developments, identify new user needs, and discuss future directions.

We cordially invite you to participate. For details see:

http://www.meeting2018.sierkalab.com/

Hope to see you there!

Regards,

Turbomole Support Team and Turbomole developers


Ivana Křenková, 29. 6. 2018

Soutěž a pozvánka na 5. ročník letního setkání příznivců technických výpočtů a počítačových simulací

Vážení uživatelé,

s potěšením přeposíláme pozvánku na 5. ročník letního setkání příznivců technických výpočtů a počítačových simulací:

Datum: 6. - 7. 9. 2018 (čtvrtek až pátek), registrace od 8:30

Místo: Hotel Fontána, Brno
Vstupné: ZDARMA

V neformálním prostředí se seznámíte s možnostmi využití inženýrských nástrojů MATLAB, COMSOL a dSPACE.
 
Zobrazit podrobný program

TCC_2018_Plakat_soutez 

Součástí akce je soutěž o nejlepší uživatelský projekt. Informace o soutěži 


 


Ivana Křenková, 29. 6. 2018

Nové nastavení fronty gpu a gpu_long

Tento týden došlo ke změně nastavení front gpu@wagap-pro, gpu@arien-pro a gpu_long@arien-pro.

Kvůli omezení přístupu ne-GPU úloh na GPU stroje jsme ve frontách gpu a gpu_long na obou PBS serverech nastavili nutnost explicitního zadání požadavku na minimálně jednu GPU kartu, např.:

Pokud není GPU karta v zadání úlohy požadovaná, zobrazí se následující hlášení a úloha není systémem přijata:

     'qsub: Job violates queue and/or server resource limits'

 

Zároveň jsme k 26. 6. 2018 nastavili průchodnost úloh ve frontách gpu mezi oběma PBS servery (úlohy z fronty gpu na arien-pro můžou být spuštěny PBS serverem wagap-pro a naopak). Fronta gpu_long je spravovaná pouze PBS serverem arien-pro, té se změna netýká.

Více informací o nastavení GPU:  https://wiki.metacentrum.cz/wiki/GPU_clusters

  

S díky za pochopení,

Uživatelská podpora MetaCentra

 

 

 


Ivana Křenková, 27. 6. 2018

Nové nastavení přístupu na speciální stroje UV2000

V pondělí 18. 6. 2018 došlo ke změně nastavení fronty uv@wagap.cerit-sc.cz.

Věříme, že nyní budou oba speciální stroje UV lépe použitelné pro zpracování opravdu velkých úloh, pro které jsou primárně určeny. Malé úlohy budou znevýhodněné, aby tyto velké úlohy neblokovaly. Pro malé úlohy jsou k dispozici další vhodnější stroje.

S díky za pochopení,

Uživatelská podpora MetaCentra


Ivana Křenková, 18. 6. 2018

Pozvánka na přednášku prof. Johna Womersleyho (ESS ERIC) na téma „The European Spallation Source“

Vážení uživatelé,


dovoluji si Vám přeposlat pozvánku na přednášku prof. Johna Womersleyho na téma „The European Spallation Source“, která se uskuteční v prostorách Akademie věd ČR na Národní třídě dne 15. června 2018 od 14:00.

Více informací naleznete v PDF.

S přáním hezkého dne,

Petr Ventluka, MŠMT


Ivana Křenková, 6. 6. 2018

Povýšení clusteru konos na FAV ZČU v Plzni

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový SMP cluster konos[1-8].fav.zcu.cz (lokalita Plzeň, vlastník KMA/FAV ZČU). Cluster obsahuje 8 uzlů (160 CPU jader), každý z nich má následující hardwarovou specifikaci:

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @arien-pro prostřednictvím prioritní fronty iti, fronty gpu a krátkých běžných front. Členové projektu ITI/KKY mohou požádat o přístup do fronty vedoucího skupiny.

$ qsub -l select=1:ncpus=2:mem=1gb:scratch_local=1gb:os=debian9 …
$ qsub -l select=1:ncpus=2:mem=1gb:scratch_local=1gb:os=^any …


Případné problémy s během aplikací (chybějícími knihovnami apod.) na strojích s OS Debian9 nám, prosím, neprodleně hlaste na meta@cesnet.cz .

V případě problémů s kompatibilitou vyzkoušejte přidání modulu debian8-compat.

Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

Ivana Křenková, 29. 5. 2018

Prezentace ze Semináře gridového počítání 2018

Vážení uživatelé,

V pátek 11. května proběhl v Praze v NTK další ročník Semináře gridového počítání 2018. Seminář byl letos zaměřen na zpracování, analýzu a ukládání dat v gridovém i cloudovém prostředí MetaCentrum a CERIT-SC. Semináře se zúčastnilo více než 70 stávajících i budoucích uživatelů MetaCentra. Měli příležitost se, mimo jiné, dozvědět o připravovaných novinkách v cloudovém prostředí, naučit se zacházet s containery a získali tip, jak správně a efektivně ukládat a zpracovávat data a posílat úlohy do PBS Pro prostředí.

Seminář byl organizován projektem MetaCentrum sdružení CESNET z.s.p.o. a Centrem CERIT-SC při Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity. Sponzorem akce byla společnost SafeDX.

Podrobnosti o akci včetně přednášek jsou k dispozici na webu MetaCentra: https://metavo.metacentrum.cz/cs/seminars/seminar2018/index.html


S přátelským pozdravem
MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 14. 5. 2018

Pozvánka na Seminář gridového počítání 2018

Vážení uživatelé,

dovolujeme si Vás pozvat na další ročník Semináře gridového počítání 2018

  • Místo konání: Národní technická knihovna, Praha https://www.techlib.cz/
  • Zaměření: Cílem semináře je představit služby a novinky v gridovém a cloudovém prostředí MetaCentrum a CERIT-SC.
  • Datum: pátek 11. 5. 2018, registrace od 9 hodin, zahájení v 10 hodin, zakončení v 17 hodin
  • Zvaná přednáška: téma cloudy

Seminář je organizován projektem MetaCentrum sdružení CESNET a Centrem CERIT-SC.

         Výsledek obrázku pro cesnet logo



Program semináře a další informace: https://metavo.metacentrum.cz/cs/seminars/seminar2018/index.html

Účast na semináři je podmíněná registrací a je bezplatná. Registrace končí 9.5.2018.

Těšíme se na viděnou!

S přátelským pozdravem
MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 24. 4. 2018

Novinky infrastruktury

  1. Nový cluster glados.cerit-sc.cz částečně vybavený GPU kartami (CERIT-SC)
  2. Spouštění úloh na strojích s Debian9 (CERIT-SC)
  3. Změny v nastavení vlastností na strojích (arien-pro i wagap-pro)
  4. Automatické promazávání scratchů na frontendech
  5. Zprovoznění nových strojů vlastníka ELIXIR-CZ


1) nový cluster glados.cerit-sc.cz částečně vybavený GPU kartami (CERIT-SC)

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový cluster glados[1-17].cerit-sc.cz (lokalita Brno, vlastník CERIT-SC), 680 CPU, 17 uzlů s následující HW specifikací:

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @wagap-pro prostřednictvím standardních front.

$ qsub ... -l select=1:ncpus=1:gpu=1 ...
$ qsub -l walltime=1:0:0 -l select=1:ncpus=1:mem=400mb:scratch_ssd=400mb:os=debian9 ...

 

2) Spouštění úloh na strojích s Debian9 (CERIT-SC)

CERIT-SC rozšířilo portfolium strojů s novým OS Debian9 (všechny nové stroje a některé starší). Od příštího týdne vypneme dočasné defaultní nastavení plánovače na Debian8. Pokud po vypnutí ve svých úlohách explicitně neuvedete požadovaný OS, plánovací systém vybere libovolný z nich, který je v dané frontě k dispozici.

Pokud chcete mít výběr operačního systému pod kontrolou, můžete využit následující volby (defaultní fronta):

zuphux$ qsub -l select=1:ncpus=2:mem=1gb:scratch_local=1gb:os=debian9 …
zuphux$ qsub -l select=1:ncpus=2:mem=1gb:scratch_local=1gb:os=debian8 …

   
V případě problémů s kompatibilitou vyzkoušejte přidání modulu debian8-compat.

Případné problémy s během aplikací (chybějícími knihovnami apod.) na strojích s OS Debian9 nám, prosím, neprodleně hlaste na meta@cesnet.cz .


Seznam uzlů s OS Debian9/Debian8/Centos7 je možné zobrazit v seznamu vlastností ve webové aplikaci PBSMon:

https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props?property=os%3Ddebian9
https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props?property=os%3Ddebian8
https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props?property=os%3Dcentos7

 

3) Změny v nastavení vlastností na strojích (arien-pro i wagap-pro)

V průběhu dubna plánujeme úklid a pokud možno i sjednocení vlastností strojů v obou prostředích @arien-pro i @wagap-pro.

Operační systém

Začneme s důsledným označováním operačního systému strojů parametrem os=<debian8, debian9,centos7>
Nadbytečné původní vlastnosti centos7, debian8 a debian9 postupně na strojích zrušíme (pozůstatek PBS Torque). Pro výběr operačního systému v příkazu qsub postupujte podle návodu výše v bodu 2.



Tip: Sestavovač Qsub pro pomoc s napsáním zadání úlohy a výběrem strojů: https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/qsub_pbspro

 

4) Automatické promazávání scratchů na frontendech

Kvůli opakovaným problémům s plnými scratchi na frontendech zavedeme automatické promazávání starých dat (starší 60 dnů) také na frontendech. Nenechávejte ve scratchi na frontendech žádná důležitá data. Přeneste si je do /home adresářů.

 

5) Zprovoznění nových strojů vlastníka ELIXIR-CZ

Pro skupinu českého národního uzlu ELIXIR-CZ jsme zprovoznili následující clustery:
    • elmo1.hw.elixir-czech.cz - 224 CPU in total, SMP, 4 nodes with 56 CPUs, 768 GB RAM (Praha UOCHB)
    • elmo2.hw.elixir-czech.cz - 96 CPU in total, HD, 4 nodes with 24 CPUs, 384 GB RAM (Praha UOCHB)
    • elmo3.hw.elixir-czech.cz - 336 CPU in total, SMP, 6 nodes with 56 CPUs, 768 GB RAM (Brno)
    • elmo4.hw.elixir-czech.cz - 96 CPU in total, HD, 4 nodes with 24 CPUs, 384 GB RAM (Brno)

Stroje jsou přístupné přes prioritní frontu elixircz (PBS server @arien-pro), do které mají přístup pouze členové českého národního uzlu ELIXIR-CZ a jejich spolupracovníci. Členství ve skupině podléhá schvalování. Podmínky a další informace jsou uvedené na wiki https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Elixir. Ostatní uživatelé MetaCentra budou moci brzy nové clustery využít v běžných krátkých frontách.

Popis a nastavení fronty: https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/queue/elixircz

Vzorový qsub:

$ qsub -q elixircz@arien-pro.ics.muni.cz -l select=1:ncpus=2:mem=2gb:scratch_local=1gb -l walltime=24:00:00 muj_script.sh

Quickstart: https://wiki.metacentrum.cz/w/images/f/f8/Quickstart-pbspro-ELIXIR.pdf
 

Stroje mají nainstalovaný OS Debian9. Případné problémy s během aplikací (chybějícími knihovnami apod.) na strojích s OS Debian9 nám, prosím, neprodleně hlaste na meta@cesnet.cz .
V případě problémů s kompatibilitou vyzkoušejte přidání modulu debian8-compat.
 


Ivana Křenková, 6. 4. 2018

Zprovoznili jsme nový cluster zelda

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový SMP cluster zelda[1-10].cerit-sc.cz (lokalita Brno, vlastník CERIT-SC). Cluster obsahuje 10 uzlů (720 CPU jader), každý z nich má následující hardwarovou specifikaci:

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @wagap-pro prostřednictvím standardní fronty.

zuphux$ qsub -l select=1:ncpus=2:mem=1gb:scratch_local=1gb:os=debian9 …
zuphux$ qsub -l select=1:ncpus=2:mem=1gb:scratch_local=1gb:os=^any …


Případné problémy s během aplikací (chybějícími knihovnami apod.) na strojích s OS Debian9 nám, prosím, neprodleně hlaste na meta@cesnet.cz . V případě problémů s kompatibilitou vyzkoušejte přidání modulu debian8-compat.

Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.


S přáním příjemného počítání,

MetaCentrum

Ivana Křenková, 14. 2. 2018

Nabídka stáže v jednom z 9 HPC center v programu HPC-Europa3

Vážení uživatelé,

předáváme nabídku stáží v HPC centrech v Eropě (program HPC-Europe3)

=============================================

HPC-Europa3 programme offers visit grants to one of the 9 supercomputing centres around Europe: CINECA (Bologna - IT), EPCC (Edinburgh - UK), BSC (Barcelona - SP), HLRS (Stuttgart - DE), SurfSARA (Amsterdam - NL), CSC (Helsinki - FIN), GRNET (Athens, GR), KTH (Stockolm, SE), ICHEC (Dublin, IE).

The project is based on a program of visit, in the form of traditional transnational access, with researchers visiting HPC centres and/or scientific hosts who will mentor them scientifically and technically for the best exploitation of the HPC resources in their research. The visitors will be funded for travel, accommodation and subsistence, and provided with an amount of computing time suitable for the approved project.

The calls for applications are issued 4 times per year and published online on the HPC-Europa3 website. Upcoming call deadline: Call #3 - 28 February 2018 at 23:59

For rmore details visit programme webpage http://www.hpc-europa.eu/guidelines

===============================================

V případě zájmu se obracejte přímo na organizátory akce.

Coordinator:

Paola Alberigo

SCAI Department - CINECA
Via Magnanelli 6/3
40033 Casalecchio di Reno (Italy)

e-mail: staff@hpc-europa.org


S přátelským pozdravem,
MetaCentrum


Ivana Křenková, 13. 2. 2018

Zprovoznili jsme nový cluster aman

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový SMP cluster aman[1-10].ics.muni.cz (lokalita Brno, vlastník CESNET), 560 CPU, 10 uzlů s následujíci HW specifikací:

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @arien-pro prostřednictvím standardních front. Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.


S přáním příjemného počítání,

Ivana Křenková, MetaCentrum

Karolína Trachtová, 30. 11. 2017

Zprovoznili jsme nový cluster hildor

Vážení uživatelé,

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový cluster hildor[1-28].metacentrum.cz (lokalita České Budějovice, vlastník CESNET), 672 CPU, 28 uzlů s následujíci HW specifikací

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @arien-pro prostřednictvím standardních front. Kompletní seznam aktuálně dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.

S přáním příjemného počítání,

Ivana Křenková, MetaCentrum

Karolína Trachtová, 14. 11. 2017

Novinky infrastruktury

1) reinstalace strojů na Debian9 (CERIT-SC)
2) Speciální uzel/frontend oven.ics.muni.cz pro řízení a plánování úloh 


1) Reinstalace strojů na Debian9 (CERIT-SC @wagap-pro)

Na vybraných strojích v defaultní frontě centra CERIT-SC (aktuálně zewura7) testujeme nasazení OS Debian9.
Pokud se nevyskytnou problémy, bude počet strojů s OS Debian9 postupně narůstat. Pro upgrade budeme využívat všech plánovaných i neplánovaných odstávek clusterů.

Seznam uzlů s OS Debian9 je možné zobrazit v Sestavovači Qsub (volba :os=debian9) https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/qsub_pbspro

Pokud nenastavíte nic, budete ještě po přechodnou dobu spouštět úlohy ve frontě default@wagap-pro na strojích výhradně s OS Debian8. Pokud chcete vyzkoušet připravenost svých skriptů na nový operační systém, můžete využit následující volby:

zuphux$ qsub -l select=1:ncpus=2:mem=1gb:scratch_local=1gb:os=debian9 …
zuphux$ qsub -l select=1:ncpus=2:mem=1gb:scratch_local=1gb:os=debian8 …
zuphux$ qsub -l select=1:ncpus=2:mem=1gb:scratch_local=1gb:os=^any …

Případné problémy s během aplikací (chybějícími knihovnami apod.) na strojích s OS Debian9 nám, prosím, neprodleně hlaste na meta@cesnet.cz .

Poznámka: Některé speciální stroje dostupné ve speciálních frontách mohou mít odlišný OS, např. urga, ungu (ve frontě uv@wagap-pro) a phi (ve frontě phi@wagap-pro) běží na OS CentOS 7.


2) Speciální uzel/frontend oven.ics.muni.cz pro řízení a plánování úloh

Speciální uzel/frontend oven.ics.muni.cz s velkým množstvím nevýkonných virtuálních CPU je určený především pro běh výkonnostně nenáročných řídících/resubmitovacích úloh. Je přístupný přes speciální frontu 'oven', která je dostupná všem uživatelům MetaCentra.

Nastavení fronty 'oven':

Parametry uzlu oven.ics.muni.cz:

Jednoduchý příklad submitovací úlohy:

echo "echo hostname | qsub" | qsub -q oven

Více informací na wiki https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Uzel_Oven

 


Ivana Křenková, 26. 10. 2017

Pozvánka na kurz "What you need to know about performance analysis using Intel tools"

Kdy: středa 14. června 2017 9.00-17.30 hod.

Kde: areál VŠB-TUO v Ostravě-Porubě, budova IT4Innovations, místnost 207

Jazyk: angličtina

Úroveň: pokročilý

Tutor: Georg Zitzlsberger (IT4Innovations)

Podrobnější informace o kurzu a registraci naleznete na webové stránce:
http://training.it4i.cz/en/PAUIT-06-2017

Případné dotazy směřujte na: training[at]it4i.cz  

Training Team IT4Innovations

-------------------------

 
 

 


Ivana Křenková, 26. 5. 2017

Pozvánka na Gaussian Workshop (Španělsko)

Vážení uživatelé,

dovolujeme si Vám předat pozvánku na workshop "Introduction to Gaussian: Theory and Practice":

 ============================================================

WORKSHOP IN SPAIN IN JULY 2017
We are very pleased to announce that the workshop "Introduction to Gaussian: Theory and Practice" will be held at the University of Santiago de Compostela in Spain from July 10-14, 2017.  Researchers at all levels from academic and industrial sectors are welcome.

Full details are available on our website at:
www.gaussian.com/ws_spain17


Follow us on LinkedIn for announcements, Tips & FAQs, and other info: www.linkedin.com/company/gaussian-inc
 ============================================================


S přátelským pozdravem
MetaCentrum


Ivana Křenková, 10. 5. 2017

Aktualizace frontendu zuphux.cerit-sc.cz na PBS Pro a OS Centos 7.3

CERIT-SC pokračuje s přesunem běžných výpočetních strojů z prostředí PBS Torque @wagap do nového prostředí s plánovacím systémem PBS Pro @wagap-pro.

 

***ZMĚNA SYSTÉMU FRONTENDU***

Dne 11. 5. bude frontend zuphux.cerit-sc.cz přenastaven do prostředí @wagap-pro a zároveň dojde k upgrade verze OS (Centos 7.3).

Zároveň dojde k zastavení přijímání nových úloh v prostředí Torque (@wagap). Stávající úlohy se dopočítají na zbylých uzlech. Zbylé výpočetní uzly v Torque budou po uvolnění postupně převáděny do prostředí PBS Pro. Stroje zařazené v PBS Pro jsou v PBSMonu označené nápisem "Pro" https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/nodes/physical .

Pro zjištění stavu dobíhajících úloh v PBS Torque na frontendu zuphux (qstat apod.) bude potřeba aktivovat torque-client:
zuphux$ module add torque-client  ... nastaví PBS Torque prostředí @wagap
obdobně
zuphux $ module rm torque-client   ... vrátí PBS Pro prostředí @wagap-pro 

Připomínáme hlavní odlišnosti PBS Pro:

Dokumentace k novému plánovacímu prostředí PBS Professional: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/PBS_Professional 
PBSPro Quick Start (PDF): https://metavo.metacentrum.cz/export/sites/meta/cs/seminars/seminar2017/tahak-pbs-pro-small.pdf
Představení PBS Pro ze Semináře gridového počítání 2017 (PDF): https://metavo.metacentrum.cz/cs/seminars/seminar2017/presentation-Klusacek.pptx

S omluvou za komplikace a s díky za pochopení,

Uživatelská podpora centra CERIT-SC


Ivana Křenková, 10. 5. 2017

Další rozšíření PBS Pro prostředí v CERIT-SC

CERIT-SC pokračuje s přesunem běžných výpočetních strojů z prostředí PBS Torque @wagap do nového prostředí s plánovacím systémem PBS Pro @wagap-pro.

Stroje zařazené v PBS Pro jsou v PBSMonu označené nápisem "Pro" https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/nodes/physical
Volné stroje v prostředí Torque (@wagap) postupně přesunujeme do PBS Pro (@wagap-pro).

Frontend zuphux.cerit-sc.cz zůstává prozatím (do převedení alespoň poloviny zdrojů) nastaven defaultně na prostředí @wagap. Pro aktivaci PBSPro na tomto frontendu je proto nutné, provést po přihlášení aktivaci nového prostředí příkazem:

 zuphux$ module add pbspro-client  ... nastaví PBSPro prostředí @wagap-pro

obdobně 

 zuphux $ module rm pbspro-client   ... vrátí Torque prostředí @wagap
 
Přehled dostupných front: https://metavo.metacentrum.cz/cs/state/queues
 

Připomínáme hlavní odlišnosti PBS Pro:

Dokumentace k novému plánovacímu prostředí PBS Professional: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/PBS_Professional 
PBSPro Quick Start (PDF): https://metavo.metacentrum.cz/export/sites/meta/cs/seminars/seminar2017/tahak-pbs-pro-small.pdf
Představení PBS Pro ze Semináře gridového počítání 2017 (PDF): https://metavo.metacentrum.cz/cs/seminars/seminar2017/presentation-Klusacek.pptx

 

Uživatelská podpora centra CERIT-SC


Ivana Křenková, 20. 4. 2017

Prezentace ze Semináře gridového počítání 2017

Vážení uživatelé,

ve čtvrtek 30. března proběhl další ročník Semináře gridového počítání 2017, zaměřený na zpracování, analýzu a ukládání dat a představení novinek v gridovém a cloudovém prostředí MetaCentrum a CERIT-SC. Semináře se zúčastnilo více než 90 vědců.

Seminář byl organizován projektem MetaCentrum sdružení CESNET a Centrem CERIT-SC.

loga_Seminar3

Program semináře a prezentace z jednotlivých přednášek jsou k dispozici na stránce semináře.

S přátelským pozdravem
MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 3. 4. 2017

Nastavení expirace virtuálních strojů v MetaCloudu

Vážení uživatelé,

s cílem zlepšit využití cloudových zdrojů v MetaCloudu jsme zavedli mechanismus expirace zapomenutých virtuálních strojů. Jeho podstatou je, že každý vlastník musí vždy po určité době potvrdit trvající zájem o běh každého svého stroje, jinak bude stroj odstraněn a zdroje se uvolní pro ostatní uživatele. Již nyní můžete u svých virtuálních strojů vidět naplánované akce na vypnutí. Celý popis systému najdete na wiki stránce Expirace virtuálních strojů a včas vám přijde upozornění elektronickou poštou.

Váš MetaCloud tým


Ivana Křenková, 30. 3. 2017

Další rozšíření PBS Pro prostředí

CERIT-SC započal s přesunem běžných výpočetních strojů z prostředí PBS Torque @wagap do nového prostředí s plánovacím systémem PBS Professional @wagap-pro.

Stroje v PBS Pro jsou v PBSMonu označené nápisem "Pro" https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/nodes/physical
Jak se stroje v prostředí @wagap budou uvolňovat, budou postupně přesunovány do PBS Torque (@wagap-pro).

Frontend zuphux.cerit-sc.cz zůstává prozatím (do převedení alespoň poloviny zdrojů) nastaven defaultně na prostředí @wagap. Pro aktivaci PBSPro je proto nutné, po přihlášení na frontend, provést aktivaci nového prostředí příkazem:

 $module add pbspro-client  ... nastaví PBSPro prostředí @wagap-pro

obdobně 

 $module rm pbspro-client   ... vrátí Torque prostředí @wagap
 
Důležité: V prostředí @arien již nezbyly žádné zdroje, během včerejška byly i zbývající standardní stroje převedeny do prostředí @arien-pro.
I když jsme zakázali přijímání nových úloh v prostředí @arien již minulý týden, ve frontách zůstalo přes 11 tisíc úloh, které přesunujeme (umožňuje-li to jejích zadání) do prostředí @wagap. Pokud však úlohy chtěly něco speciálního (GPU, lokalitu mimo Brno, požadují závislosti na dalších úlohách, apod.), budou muset být zadány znovu vlastníkem, už v prostředí @arien-pro.
Všechny frontendy, které původně obsluhovaly prostředí @arien, jsou nyní nastavené na prosředí @arien-pro.
 

Připomínáme hlavní odlišnosti PBS Pro:

Dokumentace k novému plánovacímu prostředí PBS Professional: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/PBS_Professional 

MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 28. 3. 2017

Pozvánka na Seminář gridového počítání 2017

Vážení uživatelé,

dovolujeme si Vás pozvat na další ročník Semináře gridového počítání 2017

  • Místo konání: Univerzitní kino Scala, Moravské náměstí 3, Brno
  • Zaměření: Cílem semináře je představit služby a novinky v gridovém a cloudovém prostředí MetaCentrum a CERIT-SC.
  • Datum: čtvrtek 30. 3. 2017, registrace od 9 hodin, zahájení v 10 hodin
  • Zvaná přednáška: IBM

Seminář je organizován projektem MetaCentrum sdružení CESNET a Centrem CERIT-SC.

loga_Seminar3

Program semináře je k dispozici na stránce semináře.

Na akci je nezbytná registrace. Účast na semináři je bezplatná.

Těšíme se na viděnou!

S přátelským pozdravem
MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 27. 3. 2017

Plánované odstavení prostředí Torque (@arien)

Na příští týden je naplánováno úplné odstavení prostředí PBS Torque (@arien). Proto bylo zakázáno spouštění nových úloh do tohoto prostředí.
Část frontendů už je defaultně nastavena na nové prostředí @arien-pro, zbývající budou převedeny příští týden. Aktuální stav je popsán na wiki:
https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Frontend
 
Nové úlohy již spouštějte v PBS Pro @arien-pro. Na nepřevedených frontendech je nutné, po přihlášení, provést aktivaci prostředí PBS Pro příkazem:
   module add pbspro-client
 
V CERIT-SC byly do prostředí PBS Pro (@wagap-pro) převedeny prozatím jen speciální stroje uv2 (unga a urgu) a XEON Phi (phi). Další stroje budou následovat později.
Torque prostředí @wagap bude dostupné ještě alespoň dva měsíce.

Důležité:

Sestavovač qsub a další informace jsou k dispozici v aplikaci PBSMon: https://metavo.metacentrum.cz/cs/state/personal

Dokumentace k novému plánovacímu prostředí PBS Professional je na wiki: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Prostředí_PBS_Professional 

S omluvou za komplikace,

Vaše MetaCentrum

.


Ivana Křenková, 25. 3. 2017

Další rozšíření experimentálního prostředí centra CERIT-SC

Vážení uživatelé,

nedávno došlo k přesunu stroje SGI UV2 urga1.cerit-sc.cz z prostředí PBS Torque @wagap do nového prostředí s plánovacím systémem PBS Professional @wagap-pro. Oba stroje UV2 jsou přístupné speciální frontou uv (uv@wagap-pro.cerit-sc.cz).
Do budoucna se počítá s postupným přesunem ostatních strojů, které jsou nyní k dispozici v prostředí plánovacího serveru PBS Torque (@wagap).

Použítí experimentálního prostředí PBS Pro centra CERIT-SC (@wagap-pro)

Dokumentace k novému plánovacímu prostředí PBS Professional: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/PBS_Professional 

MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 22. 3. 2017

Nová wiki s dokumentací

Vážení uživatelé,

připravili jsme přehlednější a aktuální verzi dokumentace na wiki. Záměrně jsme v ní informace výrazně zjednodušili a zestručnili, věříme, že bude uživatelsky přívětivější. Pokud byste v ní nemohli něco najít nebo naopak najdete nesrovnalosti, pište nám na meta@cesnet.cz.

Nová wiki: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/

Původní wiki: https://wiki.metacentrum.cz/wikiold/

MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 10. 3. 2017

Rozšíření experimentálního prostředí centra CERIT-SC

Vážení uživatelé,

nedávno došlo k přesunu stroje SGI UV2 ungu.cerit-sc.cz z prostředí PBS Torque @wagap do nového prostředí s plánovacím systémem PBS Professional @wagap-pro. Druhý podobný stroj urga.cerit-sc.cz bude přesunut příští týden. Stroje UV2 jsou přístupné speciální frontou uv (uv@wagap-pro.cerit-sc.cz).
Do budoucna se počítá s postupným přesunem ostatních strojů, které jsou nyní k dispozici v prostředí plánovacího serveru PBS Torque (@wagap).

Použítí experimentálního prostředí PBS Pro centra CERIT-SC (@wagap-pro)

Dokumentace k novému plánovacímu prostředí PBS Professional: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/PBS_Professional 

MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 9. 3. 2017

Další rozšíření strojů dostupných v prostředí PBSPro (@arien-pro)

Velká část uzlů a frontendů byla převedena z plánovacího prostředí PBS Torque (@arien) do PBS Pro (@arien-pro).

Prostředí bude postupně dále rozšiřováno na úkor PBS Torque serveru @arien; to se bude brzy rušit úplně.

Důležité:

Sestavovač qsub a další informace jsou k dispozici v aplikaci PBSMon: https://metavo.metacentrum.cz/cs/state/personal

Dokumentace k novému plánovacímu prostředí PBS Professional je na wiki: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Prostředí_PBS_Professional 


Ivana Křenková, 3. 3. 2017

Nový cluster s Xeon Phi v experimentálním prostředí centra CERIT-SC

Vážení uživatelé,

Centrum CERIT-SC zprovoznilo nový speciální cluster s procesory Intel Xeon Phi 7210. Cluster je dostupný z nově vytvořeného experimántálním prostředí PBS Pro plánovacího serveru @wagap-pro

Xeon Phi je masivně paralelní architektura složená z velkého množství x86 jader (tzvn. Many Integrated Core). Narozdíl od starší generace, nový Xeon Phi (vychází z architektury Knight Landing) je self-booting systém (konvenční CPU není nutné), plně kompatibilní s architekturou x86. Úlohy se proto mohou spouštět stejným způsobem jako na konvenčních procesorech s využitím stejných aplikací. Není vyžadována rekompilace nebo přepis algoritmu aplikace, i když speciáně upravené úlohy dokážou z této technologie více profitovat. Xeon Phi procesory mají oproti konvenčním procesorům velmi malý výkon na jádro, přínos Xeon Phi se objeví až při využití ve vysoce paralelních úlohách.

Porovnání Xeon Phi s konvenčním procesory:
http://sc16.supercomputing.org/sc-archive/tech_poster/poster_files/post133s2-file3.pdf

 

Použítí Xeon Phi v experimentálním prostředí PBS Pro centra CERIT-SC (@wagap-pro)

Dokumentace k novému plánovacímu prostředí PBS Professional: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/PBS_Professional 


Jak efektivně využít Xeon Phi

Navzdory deklarované kompatibilitě s x86 CPU, ne všechny typy úloh jsou vhodné pro Xeon Phi.

Více informací o architektuře Xeon Phi poskytne webinář https://colfaxresearch.com/how-knl/

MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 24. 2. 2017

MetaCentrum: novinky infrastruktury

Aktuální informace o novinkách infrastruktur MetaCentrum a CERIT-SC.

Obsah:

  1. Rozšíření strojů dostupných v prostředí PBSPro
  2. Aplikace PBSMon zobrazuje souhrnně úlohy ze všech prostředí @arien, @arien-pro, @wagap
  3. Upgrade na Debian8 na frontendech a uzlech
  4. Galaxy s RepeatExplorerem pro ELIXIR
  5. Setkání s uživateli na FZÚ AV ČR 23. 2. 2017 od 10:30
  6. Aktualizace SW
  7. Navyšte si fairshare vykázáním publikací s poděkováním

 

1. Rozšíření strojů dostupných v prostředí PBSPro (@arien-pro)

V experimentálním prostředí s plánovacím systémem PBS Professional (PBSPro) jsou nyní dostupné následující clustery:  ajax, exmag, luna, meduseld, mudrc, tarkil, gram (GPU).
Prostředí bude postupně dále rozšiřováno na úkor PBS Torque serveru @arien.

Důležité:

 

2. Aplikace PBSMon nově zobrazuje souhrnně úlohy ze všech prostředí @arien, @arien-pro, @wagap

Do webové aplikace PBSMon byly integrovány informace ze všech prostředí, které jsou aktuálně k dispozici v MetaCentru. Aplikace je součástí stránek MetaCentra https://metavo.metacentrum.cz/cs/state/index.html


3. Upgrade na Debian8 na frontendech a uzlech

Všechny frontendy a uzly běží nyní na na Debian 8.
Přehled uzlů s vlastností debian8: https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props#prop2node
Přehled frontendů: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Frontend
Kdybyste narazili na problém s kompatibilitou SW modulů, pište na meta@cesnet.cz


4. Galaxy s RepeatExplorerem pro ELIXIR

Pro projekt ELIXIR byla nedávno zprovozněna instance Galaxy s RepeatExplorerem: https://galaxy-elixir.cerit-sc.cz
Více informací a podmínky využití najdete na wiki: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Galaxy_application#RepeatExplorer_Galaxy
 

5. Setkání s uživateli

Dne 23. 2. 2017 od 10:30 proběhne v budově Fyzikálního ústavu AV ČR v ulici Pod Vodárenskou věží setkání s uživateli výpočetních clusterů umístěných na FZÚ AV ČR (Luna, Exmag, Kalpa, Goliáš). Na programu je přehled dostupného hardware, popsání změn v zadávání úloh a diskuze s uživateli. Akce je určena všem zájemcům z akademických isnstitucí a nevyžaduje registraci předem.
 

6. Aktualizace SW

Rozšířili jsme počet Ansys HPC licencí z původních 60ks na 512ks (=výpočetních jader). Ansys HPC je doplněk určený pro výpočty náročných úloh v rámci víceprocesorového/víceuzlového prostředí (každá licence umožňuje rozšířit výpočet na další dostupný procesor)
 
Instalovány nejnovější verze komerčních balíků: Ansys CFD (verze 18.0), Wolfram Mathematicy a gridMathematicy (verze 11.0), Intel kompilátorů (verze 2017 Update 1) a PGI kompilátorů (verze 16.10).  


7. Zvýhodnění fairshare za vložení publikací s poděkováním

Připomínáme, že dle pravidel MetaCentra je každý uživatel povinen, do všech svých publikací vzniklých s využitím zdrojů integrovaných v MetaCentru, přidat text poděkování: https://metavo.metacentrum.cz/cs/application/index.html

Opublikované publikace s poděkováním CESNETu a/nebo CERIT-SC se následně zadávají do systému Perun. Za vykázané publikace je uživatel automaticky zvýhodněn v přístupu k výpočetním prostředkům navýšením fairshare: https://metavo.metacentrum.cz/cs/myaccount/pubs

Poznámka pro řešitele projektů GA ČR: Dle vyjádření GA ČR, v publikacích vzniklých s podporou GA ČR je poděkování infrastrukturám CESNET i CERIT-SC možné.


S přáním úspěšných výpočtů
Ivana Křenková,
MetaCentrum + CERIT-SC.

 


Ivana Křenková, 2. 2. 2017

MetaCloud - změna zabezpečení a přechod na novou verzi OpenNebula 5

Vážení uživatelé MetaCloudu,

V souvislosti s přípravou přechodu na OpenNebulu verze 5 (v týdnu mezi 9. a 13. lednem t.r.) dojde v nejbližších dnech k úpravě bezpečnostních nastavení v MetaCloudu.

Výchozí bezpečnostní nastavení se změní ze zcela otevřeného na téměř zcela uzavřené. Standardně bude k nově vytvořeným strojům povolen pouze přístup na port SSH (TCP port 22). Jakékoli další porty bude třeba dodatečně povolit s pomocí předdefinovaných bezpečnostních skupin (Security Groups).

V šablonách, které už v současnosti měly nastavené filtrování provozu s pomocí atributů WHITE_PORTS, *musí jejich vlastníci provést adekvátní úpravy* a propojení s vhodným nastavením Security Groups. Virtuální stroje spuštěné ze šablon ještě se starými atributy tím nebudou přímo dotčeny, ale v dalším kroku po upgradu je bude třeba zastavit a znovu vytvořit s novým nastavením.

Pokud Vám z nějakého důvodu nebude dostačovat výběr z existujících Security Groups, kontaktujte nás a společně připravíme vhodné řešení.

 

S pozdravem

 

MetaCloud tým


Ivana Křenková, 20. 12. 2016

Rozšíření experimentálního prostředí o nový cluster meduseld

Vážení uživatelé,

s potěšením oznamujeme, že jsme do experimentálního prostředí s plánovacím systémem PBS Professional (PBS Pro), dostupného z čelního uzlu tarkil.grid.cesnet.cz, přidali nový cluster:

SMP cluster meduseld.grid.cesnet.cz, 6 uzlů (336 CPU jader), každý s následujícími parametry:

 

Použití experimentálního prostředí s PBS Pro:


Dokumentace k novému plánovacímu prostředí PBS Professional: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Prostředí_PBS_Professional

Připomínky a náměty můžete posílat do RT meta@cesnet.cz


Ivana Křenková, 16. 11. 2016

Zprovoznili jsme nový cluster tarkil obsluhovaný novým dávkovým systémem PBS Pro

Vážení uživatelé,

rádi bychom představili nový plánovací systém PBS Professional (PBS Pro), který nyní nasazujeme v testovací verzi v experimentálním prostředí dostupném z čelního uzlu tarkil.grid.cesnet.cz.

PBS Pro v budoucnosti nahradí stávající plánovač Torque, doporučujeme tedy si jej s předstihem vyzkoušet už nyní.

Důvod pro změnu:

Změny PBS Pro oproti Torque:

Použití experimentálního prostředí s PBS Pro:

Dokumentace k novému plánovacímu prostředí PBS Professional: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Prostředí_PBS_Professional

Věříme, že nové možnosti, které PBS Pro poskytuje, umožní uživatelům MetaCentra lépe specifikovat své úlohy a tedy i snadněji a rychleji získat zajímavé výsledky ve svém výzkumu.

Připomínky a náměty můžete posílat do RT meta@cesnet.cz


Karolína Trachtová, 8. 11. 2016

Provozní změny infrastruktur MetaCentra a CERIT-SC

1) Zrušení nadbytečných vlastností
2) Zavedení cgroups
3) Defaultní fronta a zrušení obecně přístupných časových front
4) Reinstalace strojů na OS Debian 8


1) Zrušení nadbytečných vlastností

Z důvodu zpřehlednění a zjednodušení zadávání a plánování úloh došlo k redukci počtu vlastností. Zrušili jsme ty, které se z historických důvodů vyskytují na všech strojích nebo se již téměř nepoužívají:
linux, x86_64, nfs4, em64t, x86, *core, nodecpus*, nehalem/opteron/, noautoresv, xen, ...

Aktuální seznam dostupných vlastností: http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props


2) Zavedení cgroups

Cgroups umožňuje omezit spotřebu prostředků (paměti, procesoru) pro danou úlohu.
Pokud víte, že Vaše úloha překračuje RAM nebo počet přidělených CPU jader a nedokážete tyto omezit přímo v aplikaci, použijte přepínač -W cgroup=true při zadání úlohy, např.:

 qsub -W cgroup=true -l nodes=1:ppn=4 -l mem=1gb ...

Cgroups nahrazuje dříve doporučený způsob nodecpus*#excl -- vlastnost nodecpus* byla zrušena.

Ve výchozím nastavení plánovače nejsou cgroups použity (může zpomalit swapující úlohu a nelze poznat, kolik prostředků úloha skutečně potřebuje pro efektivní běh).  
Podpora cgroups není nastavena na všech strojích, aktuální seznam strojů k testování lze získat v pbsmonu jako přehled strojů s nastavenou vlastností cgroup:
http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props#cgroup
Více informací: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Cgroups


3) Zrušení obecně přístupných časových front

Před více než rokem jsme sjednotili zadávání úloh -- v obou prostředích plánovacích serverů @wagap a @arien -- zavedením parametru -l walltime=<OCEKAVANA_MAX_DOBA_BEHU>.

Na @wagap byly zrušeny dočasně ponechané časové fronty q_2h, q_4h, q_1d, q_2d, q_4d, q_1w, q_2w, q_2w_plus. Své úlohy proto zadávejte výhradně s parametrem walltime, např.

  -l walltime=2h, -l walltime=3d30m,...

Více informací na wiki: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Spouštění_úloh_v_plánovači

4) Reinstalace strojů na OS Debian 8

Využíváme všech plánovaných i neplánovaných odstávek clusterů a postupně povyšujeme operační systém na frontendech i uzlech na OS Debian 8.

Aktuální seznam uzlů s vlastností debian8 najdete v přehledu vlastností v aplikaci PBSmon: http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props#debian8
nebo v osobním přehledu (sestavovači qsub) http://metavo.metacentrum.cz/cs/state/personal
Případné problémy s během aplikací (chybějícími knihovnami apod.) na těchto strojích nám, prosíme, neprodleně hlaste.
Pokud narazíte na problém, do vyřešení se můžete vyhnout spouštění úloh na strojích s vlastností debian8 takto:

 -l nodes=1:ppn=4:^debian8 – negace vlastnosti, úloha nebude naplánovaná na uzly s vlastností debian8, nebo
 -l nodes=1:ppn=4:debian7 - přidělí stroje se starší verzí OS Debian7
 
 Některé speciální stroje dostupné ve speciálních frontách mohou mít odlišný OS, např. urga, ungu (dostupné ve frontě uv@wagap-pro) a phi (phi@wagap-pro) běží na OS CentOS 7.

 


Ivana Křenková, 30. 6. 2016

Pozvánka na Technical Computing Camp 2016

Společnost HUMUSOFT s.r.o. pořádá ve dnech 8. - 9.  9. 2016 Technical Computing Camp, třetí ročník neformálního letního setkání příznivců technických výpočtů a počítačových simulací.

KDY: Čtvrtek 8. 9. od 9 h - pátek 9. 9. do 15h

KDE: Brněnská prehrada, hotel Fontána

Vstup ZDARMA

Další informace a přihláška zde: http://www.humusoft.cz/tcc

V průběhu akce Technical Computing Camp představíme moderní nástroje pro technické výpočty a počítačovou simulaci MATLAB a COMSOL Multiphysics a ukážeme jejich využití ve spojení s celou řadou hi-tech "hraček" (LEGO, Arduino, Raspberry Pi, Kinect, roboti, mobilní zařízení, kamery, ...). Ve spolupráci se slovenským Národním centrem robotiky si letos poprvé budete moci vyzkoušet práci s robotem NAO, makerspace Dílna 21 uspořádá klání Zumo robotů, u kterých budete programovat jejich chování. Také si ukážeme nejnovější nástroje pro analýzu rozsáhlých dat, strojové učení, počítačové vidění, modelování fyzikálních systémů či návrh a ladění řídicích systémů.

V programu akce naleznete přednášky, praktické ukázky i prostor pro vlastní práci pod dohledem našich specialistů. Přednášet budou odborníci z firmy HUMUSOFT s.r.o., MathWorks i další zvaní hosté.

Setkání je určeno všem, kteří se v neformálním prostředí chtějí dozvědět více o možnostech využití inženýrských nástrojů MATLAB a COMSOL Multiphysics. Na své si přijdou jak stávající uživatelé uvedených systémů, tak začátečníci a příznivci výpočetních, modelovacích a simulačních systémů. Nástroje si budete moci vyzkoušet a následně své poznatky a dotazy diskutovat s dalšími účastníky.

V rámci "Technical Computing Camp" bude probíhat i soutež o nejlepší uživatelský projekt. Studenti se mohou zúčastnit se svou diplomovou či bakalářskou prací.

 

--------------------------

Lucia Kulichova
luciak@humusoft.cz
HUMUSOFT s.r.o.
Pobrezni 20      
186 00 Praha
Czech Republic
 
Tel: +420 284 011 730
Fax: +420 284 011 740
http://www.humusoft.cz
--------------------------
 
 

Ivana Křenková, 28. 6. 2016

Nový HW v MetaCentru

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový cluster exmag.fzu.cz (FzÚ AV ČR Praha), 640 CPU, 32 uzlů s následujíci HW specifikací

Cluster je dostupný v prostředí plánovacího serveru @arien prostřednictvím privátních front exmag a luna a veřejných krátkodobých front. Kompletní seznam dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.

S přáním příjemného počítání,

Ivana Křenková, MetaCentrum 
 
 

 


Ivana Křenková, 22. 6. 2016

11.5.2017 Aktualizace frontendu zuphux.cerit-sc.cz na PBS Pro a OS Centos 7.3

Dne 11. 5. bude frontend zuphux.cerit-sc.cz přenastaven do prostředí @wagap-pro a zároveň dojde k upgrade verze OS (Centos 7.3).

Zároveň dojde k zastavení přijímání nových úloh v prostředí Torque (@wagap). Stávající úlohy se dopočítají na zbylých uzlech. Zbylé výpočetní uzly v Torque budou po uvolnění postupně převáděny do prostředí PBS Pro. Stroje zařazené v PBS Pro jsou v PBSMonu označené nápisem "Pro" https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/nodes/physical .

S omluvou za komplikace a s díky za pochopení,

Uživatelská podpora centra CERIT-SC


Ivana Křenková, 10. 5. 2016

Nový HW v MetaCentru

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový stroj upol128.upol.cz (UP Olomouc)

Stroj upol128 je dostupný přes prioritní frontu vtp vyhrazenou pro skupinu vtp_upol a veřejnou frontu uv_2h.

Kompletní seznam dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.

S přáním příjemného počítání
Ivana Křenková, MetaCentrum 
 
 

 


Ivana Křenková, 20. 4. 2016

Nový HW v MetaCentru

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový cluster alfrid (NTIS ZČU)

Cluster alfrid je dostupný přes prioritní frontu iti a přes krátkodobé úlohy z běžné fronty.

Kompletní seznam dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.

S přáním příjemného počítání
Ivana Křenková, MetaCentrum 
 
 

 


Ivana Křenková, 23. 3. 2016

ANSYS Update Seminar Brno 8.3. 2016, 9:00 – 13:00

Nabídka pro všechny uživatele a fanoušky systému ANSYS

Na konci ledna 2016 vyšla nová verze ANSYS 17.0. V každé oblasti fyziky přináší řadu zlepšení které uživatelům umožní výrazně zvýšit efektivitu i produktivitu práce.

Přijďte se podívat 8.3. 2016 do hotelu Avanti Brno co nového přináší verze 17.0 pro Vaši oblast výzkumu / práce. Čeká Vás živá demonstrace práce v prostředí, možnost diskuse konkrétních zadání s našimi specialisty a spousta informací ze světa ANSYSu.

Přístup na seminář je pro všechny registrované zdarma, více informací týkajících se semináře a registrační formulář zde: https://www.svsfem.cz/update-ansys17

Nevyvhovuje Vám termín semináře v Brně? Zkuste jiné město případně se s námi spojte rádi Vám sdělíme veškeré možnosti.

Jiří Stárek
SVS FEM s.r.o., držitel certifikace 9001:2009 #C-86746 Exp. 2016.11.24
Škrochova 3886/42, Brno 61500, Czech Republic 
www.svsfem.cz
jstarek@svsfem.cz

 


Ivana Křenková, 4. 3. 2016

Nový HW v MetaCentru

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový cluster CERIT-SC:

Cluster zefron je dostupný přes standardní frontu na Torque serveru wagap.cerit-sc.cz.

Jeden uzel (zefron8) je osazen GPU kartou NVIDIA Tesla K40, zapůjčenou z Loschmidt Laboratories. GPU úloha se v prostředí CERIT-SC (server @wagap) zadává jako standardní úloha, pouze se specifikací počtu GPU:

 -l nodes=1:ppn=X:gpu=1

Kompletní seznam dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.

S přáním příjemného počítání
Ivana Křenková, MetaCentrum & CERIT-SC
 
 

Ivana Křenková, 28. 1. 2016

Nový HW v MetaCentru

MetaCentrum bylo rozšířeno o nové clustery vlastníků ze ZČU a CEITEC MU:

ScaleMP cluster alfrid je přístupný prostřednictvím speciální fronty scalemp (Torque server arien.ics.muni.cz).  O přístup je třeba požádat (kromě uživatelů ze skupin kky a iti) vlastníky HW, nejlépe emailem na meta@cesnet.cz s kopií na honzas@ntis.zcu.cz.Více informací na https://wiki.metacentrum.cz/wiki/ScaleMP

Cluster lex je přístupný všem zájemcům MetaCentra prostřednictvím front preemptible a backfill (Torque server arien.ics.muni.cz). Uživatelé z CEITEC MU a NCBR mají privilegovaný přístup.

Clustery zubat a krux jsou přístupné všem zájemcům MetaCentra prostřednictvím front s maximální dobou běhu 1 den (Torque server arien.ics.muni.cz). Uživatelé z CEITEC MU a NCBR mají privilegovaný přístup.

Kompletní seznam dostupných výpočetních serverů je na http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/hardware.

S přáním příjemného počítání,
Ivana Křenková, MetaCentrum

 

 


Ivana Křenková, 17. 12. 2015

Prezentace z Grid Computing Workshop 2015

V úterý 1. prosince se v brněnském hotelu Continental konal další ročník uživatelského semináře Grid Computing Workshop 2015, věnovaný přehledu informací a novinek z českého národního gridového a cloudového prostředí MetaCentrum a CERIT-SC, tentokrát se zaměřením na bioinformatickou vědeckovýzkumnou komunitu.

Letošního ročníku se zúčastnilo bezmála 80 výzkumných pracovníků nejen z České republiky.

Workshop byl organizován projektem MetaCentrum sdružení CESNET a Centrem CERIT-SC při ÚVT MU, za významné spoluúčasti společnosti Atos IT Solutions and Services, s.r.o.  Prezentace a fotky z akce jsou k dispozici na stránce semináře http://metavo.metacentrum.cz/cs/seminars/seminar2015/index.html

loga_Seminar2_12-04

MetaCentrum & CERIT-SC


Ivana Křenková, 2. 12. 2015

Pozvánka na Seminář gridového počítání 2015

Vážení uživatelé,

dovolujeme si Vás pozvat na další ročník Semináře gridového počítání 2015

  • Místo konání: Hotel Continental Brno, Kounicova 6, 602 00 Brno
  • Zaměření: Seminář bude letos zaměřen na LifeScience (bioinformatika). Cílem semináře je představit služby a novinky v gridovém a cloudovém prostředí MetaCentrum a CERIT-SC.
  • Datum: úterý 1. 12. 2015, zahájení v 10 hodin
  • Anotace zvané přednášky: Natalia Jiménez, Life Sciences Business Development Manager at Atos: Atos’ vision in Life Sciences giving an overview of the most relevant success cases in the area. Atos as a global IT partner in Bioinformatics projects.
  • Jazyk akce: angličtina

Titulárním sponzorem letošního setkání je společnost Atos IT Solutions and Services, s.r.o., mj. dodavatel bioinformatického SW. V rámci dopoledního bloku semináře tak budou odborníci společnosti ATOS prezentovat jaké nástroje nabízejí pro bioinformatiku.

loga_Seminar2_12-04

Program semináře je k dispozici na stránce semináře. Na akci je nezbytná registrace, kapacita sálu je omezena. Účast na semináři je bezplatná.

Těšíme se na viděnou!

S přátelským pozdravem
MetaCentrum & CERIT-SC.

PS: Seminář je organizován projektem MetaCentrum sdružení CESNET a Centrem CERIT-SC za významné spoluúčasti zmíněného partnera -- společnosti Atos IT Solutions and Services, s.r.o.


Tom Rebok, 2. 11. 2015

Navýšení úložné kapacity v Plzni

MetaCentrum v pátek zprovoznilo nové diskové pole (náhrada za staré pole /storage/plzen1/) a došlo tak k navýšení úložné kapacity z 60 TB na 350 TB.
Diskové pole je umístěno v lokalitě Plzeň a je dostupné ze všech clusterů v MetaCentru stejným způsobem jako pole původní (stejný název /storage/plzen1/, NFS4 server storage-plzen1.metacentrum.cz), uživatelské kvóty zůstaly rovněž nezměněny.
 

S přáním příjemného počítání,
MetaCentrum

Ivana Křenková, 13. 10. 2015

Nový HW v MetaCentru

MetaCentrum bylo rozšířeno o nový cluster ida.meta.zcu.cz, obsahující celkem 28 strojů (560 CPU jader), každý s následující konfigurací: