Provozní změny infrastruktur MetaCentra a CERIT-SC: rozšířené možnosti plánovače + nový SW

Provozní změny infrastruktur MetaCentra a CERIT-SC: rozšířené možnosti plánovače + nový SW

Jak jsme avizovali, představujeme Vám další pravidelnou informaci o provozních novinkách infrastruktur MetaCentrum a CERIT-SC:

1. Rozšířené možnosti plánovače -- nové možnosti specifikace odhadované doby běhu úloh:

• nově můžete i skrze plánovač arien (MetaCentrum) zadávat úlohy *bez specifikace fronty* (pokud nevyužíváte nějakou specializovanou) a odhadovanou dobu běhu úlohy zadávat skrze parametr "-l walltime=..." (stejně, jako již dříve na CERIT-SC)
• formát specifikace walltime byl upraven tak, aby akceptoval hodnoty v lidštějším tvaru ("-l walltime=10d", "-l walltime=3d30m", ...) -- upraveno jak na MetaCentru, tak na CERIT-SC
• zadávání úloh s touto novou specifikací (bez fronty & s walltime) je *silně doporučováno* -- takto zadané úlohy jsou řazeny do vícero interních front, takže přesnější odhad doby jejich běhu může znamenat dřívější spuštění úlohy (úloha s "-l walltime=12d" může být spuštěna dříve než úloha ve frontě "long")
• fronty "short", "normal", "long" zůstávají zachovány (zadávání úloh do nich je stále podporováno, byť není doporučováno)
• více informací viz https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Spouštění_úloh_v_plánovači#Stru.C4.8Dn.C3.A9_shrnut.C3.AD_pl.C3.A1nov.C3.A1n.C3.AD_.C3.BAloh

2. Nově instalovaný/pořízený SW:

Pozn.: Bližší informace o instalovaných aplikacích jsou k dispozici na
stránce aplikací:  https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Kategorie:Aplikace


KOMERČNÍ PROGRAMY (dostupné všem registrovaným uživatelům):

• Intel Cluster Studio XE (intelcdk-14)
  • a set of tools for development of parallel as well as serial programs programmed in C, C++, FORTRAN 77, Fortran 95 and High Performance Fortran
  • version 2013, 2 licenses purchased by Cesnet
• PGI Accelerator CDK (pgicdk-13.10)
  • a collection of tools for development parallel and serial programs in C, Fortran, etc.
  • version 13.10, 2 licenses purchased by Cesnet
• Ansys CFD (Fluent + CFX) and Ansys Mechanical
  • SW for modelling flow, turbulence, heat transfers, etc. (Fluent) + a high-performance, general purpose fluid dynamics SW for solving wide-range of fluid flow problems (CFX) + a suite of tools allowing the structural and thermodynamic simulations
  • upgrade to version 15.0.1
• Allinea DDT
  • a debugging tool designed for parallel/distributed programs using OpenMP/MPI libraries
  • upgrade to version 4.2

VOLNĚ DOSTUPNÉ PROGRAMY:

* atomsk (ver. b0.7.2)  - a command-line program intended to read many types of atomic position files, and convert them to many other formats
* clview (ver. 2010)  - graphical, interactive tool for inspecting the ACE format assembly files generated by CAP3 or phrap
* cthyb   - The TRIQS-based hybridization-expansion matrix solver allows to solve the generic problem of a quantum impurity embedded in a conduction bath
* erlang (ver. r16)  - programming language used to build massively scalable soft real-time systems with requirements on high availability
* erne (ver. 1.4, gcc+intel)  - a short string alignment package providing an all-inclusive set of tools to handle short (NGS-like) reads
* repeatexplorer   - RepeatExplorer is a computational pipeline for discovery and characterization of repetitive sequences in eukaryotic genomes.

S pozdravem Tomáš Rebok,
MetaCentrum + CERIT-SC

Tom Rebok, Sun Jan 19 23:50:00 CET 2014