MetaCentrum: novinky infrastruktury

Aktuální informace o novinkách infrastruktur MetaCentrum a CERIT-SC.

Obsah:

Rozšíření strojů dostupných v prostředí PBSPro
Aplikace PBSMon zobrazuje souhrnně úlohy ze všech prostředí @arien, @arien-pro, @wagap
Upgrade na Debian8 na frontendech a uzlech
Galaxy s RepeatExplorerem pro ELIXIR
Setkání s uživateli na FZÚ AV ČR 23. 2. 2017 od 10:30
Aktualizace SW
Navyšte si fairshare vykázáním publikací s poděkováním

1. Rozšíření strojů dostupných v prostředí PBSPro (@arien-pro)

V experimentálním prostředí s plánovacím systémem PBS Professional (PBSPro) jsou nyní dostupné následující clustery: ajax, exmag, luna, meduseld, mudrc, tarkil, gram (GPU).

Prostředí bude postupně dále rozšiřováno na úkor PBS Torque serveru @arien.

Důležité:

PBSPro server: arien-pro.ics.muni.cz (nelze se na něj hlásit přímo)
Dedikovaný čelní uzel: tarkil.grid.cesnet.cz
GPU cluster je dostupný prostřednictvím fronty gpu@arien-pro.ics.muni.cz
Odlišná syntaxe oproti Torque -- např. požadavek na 3 uzly po 2 cpu, 1 GB RAM, 1 GB lokální scratch, 1 hodina walltime, 1 licence matlabu:
- ```
  qsub -l select=3:ncpus=2:mem=1gb:scratch_local=1gb -l walltime=1:00:00 -l matlab=1 skript.sh
```
Každá úloha musí mít specifikovaný typ a velikost scratche (např. scratch_local=1gb)!!!
Sestavovač qsub a další informace jsou k dispozici v aplikaci PBSMon: https://metavo.metacentrum.cz/cs/state/personal
Dokumentace k novému plánovacímu prostředí PBS Professional je na wiki: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Prostředí_PBS_Professional

2. Aplikace PBSMon nově zobrazuje souhrnně úlohy ze všech prostředí @arien, @arien-pro, @wagap

Do webové aplikace PBSMon byly integrovány informace ze všech prostředí, které jsou aktuálně k dispozici v MetaCentru. Aplikace je součástí stránek MetaCentra https://metavo.metacentrum.cz/cs/state/index.html

3. Upgrade na Debian8 na frontendech a uzlech

Všechny frontendy a uzly běží nyní na na Debian 8.

Přehled uzlů s vlastností debian8: https://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/props#prop2node

Přehled frontendů: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Frontend
Kdybyste narazili na problém s kompatibilitou SW modulů, pište na meta@cesnet.cz

4. Galaxy s RepeatExplorerem pro ELIXIR

Pro projekt ELIXIR byla nedávno zprovozněna instance Galaxy s RepeatExplorerem: https://galaxy-elixir.cerit-sc.cz
Více informací a podmínky využití najdete na wiki: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Galaxy_application#RepeatExplorer_Galaxy

5. Setkání s uživateli

Dne 23. 2. 2017 od 10:30 proběhne v budově Fyzikálního ústavu AV ČR v ulici Pod Vodárenskou věží setkání s uživateli výpočetních clusterů umístěných na FZÚ AV ČR (Luna, Exmag, Kalpa, Goliáš). Na programu je přehled dostupného hardware, popsání změn v zadávání úloh a diskuze s uživateli. Akce je určena všem zájemcům z akademických isnstitucí a nevyžaduje registraci předem.

6. Aktualizace SW

Rozšířili jsme počet Ansys HPC licencí z původních 60ks na 512ks (=výpočetních jader). Ansys HPC je doplněk určený pro výpočty náročných úloh v rámci víceprocesorového/víceuzlového prostředí (každá licence umožňuje rozšířit výpočet na další dostupný procesor)

Instalovány nejnovější verze komerčních balíků: Ansys CFD (verze 18.0), Wolfram Mathematicy a gridMathematicy (verze 11.0), Intel kompilátorů (verze 2017 Update 1) a PGI kompilátorů (verze 16.10).

7. Zvýhodnění fairshare za vložení publikací s poděkováním

Připomínáme, že dle pravidel MetaCentra je každý uživatel povinen, do všech svých publikací vzniklých s využitím zdrojů integrovaných v MetaCentru, přidat text poděkování: https://metavo.metacentrum.cz/cs/application/index.html

Opublikované publikace s poděkováním CESNETu a/nebo CERIT-SC se následně zadávají do systému Perun. Za vykázané publikace je uživatel automaticky zvýhodněn v přístupu k výpočetním prostředkům navýšením fairshare: https://metavo.metacentrum.cz/cs/myaccount/pubs

Poznámka pro řešitele projektů GA ČR: Dle vyjádření GA ČR, v publikacích vzniklých s podporou GA ČR je poděkování infrastrukturám CESNET i CERIT-SC možné.

S přáním úspěšných výpočtů
Ivana Křenková,
MetaCentrum + CERIT-SC.

Ivana Křenková, Thu Feb 02 21:40:00 CET 2017